La citología de cuello uterino es utilizada para la pesquisa de cáncer y sus lesiones pre-malignas, permite también realizar valoración microbiológica rápida y presuntiva para detectar organismos patógenos causantes de infecciones o disbiosis cervico-vaginales. El objetivo fue conocer el estado de disbiosis mediante prevalencia y etiología citológica de infecciones genitales en pacientes merideñas, durante la pesquisa de cáncer de cuello uterino. Se seleccionaron 1.262 resultados citológicos de casos analizados entre septiembre 2019 y diciembre 2020, y se correlacionaron las variables implicadas. La prevalencia general de disbiosis cervico-vaginal fue de 79,80%, más frecuente entre los 20-50 años de edad (67,2%) y principalmente causada por bacterias cocoides (22,18%). El 82,85% de las citologías anormales presentó disbiosis y se correlacionó significativamente con Trichomonas vaginalis (p<0,000), organismos fúngicos consistentes con Candida spp (p<0,003), cambios celulares sugestivos de infección por Chlamydia (p<0,012) e inflamación inespecífica (p<0,000). La disbiosis como factor de riesgo para citología anormal obtuvo un valor de riesgo relativo (RR) igual a 1,167, IC del 95%; 1,073–1,269, en comparación con los casos sin infección y lactobacilos/citólisis. La disbiosis cervico-vaginal podría ser un cofactor importante en el inicio de la carcinogénesis cervical asociada a infección por virus papiloma humano (HPV) oncogénico en las mujeres merideñas. Esta suposición debe aclararse mediante futuras investigaciones multidisciplinarias.