El objetivo de este trabajo fue la caracterización fisicoquímica y microbiológica del suelo a partir de muestras tomadas a 15 y 45 cm de profundidad antes del establecimiento de los diferentes tratamientos de laboreo y fertilización. En cuanto a los valores observados en los parámetros físico-químicos, no se observaron diferencias estadísticamente significativas (p > 0,05) entre las muestras de ambas profundidades. El análisis microbiológico se realizó con muestras de suelo tomadas a 15 cm de profundidad de tres sistemas de labranza, considerando el tratamiento control y el tratamiento con fertilización orgánica con gallinaza. Los recuentos de bacterias aerobias y actinomicetos no mostraron diferencias estadísticamente significativas (p > 0,05). Los recuentos de bacterias anaerobias, coliformes y hongos fueron estadísticamente diferentes (p > 0,05) entre los tratamientos debido a la presencia de abono orgánico. Sin embargo, no se observaron diferencias estadísticamente significativas (p > 0,05) entre los tres sistemas de laboreo. En un segundo ciclo de cultivo, se evaluó el efecto de diferentes concentraciones de materia orgánica, donde T1(N: 60, P: 65,5, K: 74,4) mostró la mayor UFC g-1 (Log) de bacterias aerobias y anaerobias, actinomicetos y hongos, mientras que T3 tuvo la mayor UFC de coliformes. Estos resultados son importantes para comprender mejor la dinámica del suelo e informar sobre las prácticas agrícolas y de gestión del suelo. Además, ponen de relieve la importancia del uso adecuado de fertilizantes orgánicos y la necesidad de seguir investigando para determinar cómo afectan a la salud y la calidad del suelo a largo plazo.