Las cooperativas de ahorro y crédito son instituciones que tienen como objetivo realizar actividades de intermediación financiera y de responsabilidad social para con sus socios, clientes o con terceros y están sujetas a organismo de control externo e interno como auditoría interna para precautelar los recursos, por lo que necesario analizar las decisiones financieras tomadas en base a su propio control. El presente estudio explora la relación de la auditoría interna basada en riesgos y la gestión de las decisiones financieras de fondeo e inversiones en las cooperativas de ahorro y crédito segmento uno del cantón Ambato. El análisis se basó en los informes de auditoría interna del periodo fiscal 2017 y el primer semestre del año 2018. Los resultados encontrados muestran que la metodología de auditoría interna analizada, en base al Marco Internacional para la Práctica Profesional de la Auditoría Interna mediante las guías de implementación, ha determinado que las cooperativas no enfatizan su trabajo de auditoría interna basada en riesgos en un 40%. Se concluye que, en el sector estudiado, la auditoría interna tiene correlación significativa con las decisiones financieras.