The Ouvidor River, a tributary of the Upper Paraná River, drains areas covered by cerrado vegetation in Central Brazil. We collected data for environmental variables (water temperature, dissolved oxygen, pH, conductivity, turbidity, water velocity, luminosity, channel substrate and width) and anthropogenic perturbations (industry, reservoirs, urban areas) that may structure the fish assemblage in ten stream sites of the Ouvidor River basin. In each stream we delimited one 50 m long site where fish were captured by electrofishing and abiotic data were collected every two month between August 2004 and June 2005. Coinertia analysis indicated that pH, water velocity, channel width and water temperature most strongly structured the fish assemblages. The interactions of water velocity and channel width with the fish assemblage were not directly affected by wet and dry seasons but the opposite was true for pH and water temperature.O rio Ouvidor é um tributário do Alto rio Paraná, Brasil Central, que drena áreas cobertas por vegetação do tipo Cerrado. Em dez cursos d'água da bacia do referido rio foram coletados dados referentes às variáveis ambientais (temperatura de água, oxigênio dissolvido, pH, condutividade, turbidez, velocidade da água, luminosidade, substrato do canal e largura) e perturbações antropogênicas (indústria, represas, área urbana) que poderiam estruturar as assembléias de peixes. Em cada curso d'água foi delimitada uma estação de 50 m de comprimento, onde bimestralmente entre agosto de 2004 e junho de 2005 os peixes foram capturados utilizando-se a pesca elétrica e coletados os dados abióticos. A análise de co-inércia indicou que o pH, a velocidade da água, a largura do canal e a temperatura da água são os fatores que mais fortemente estruturaram as assembléias de peixes. A interação da velocidade da água e a largura do canal com as assembléias de peixes não foram afetadas diretamente pelo regime hidrológico regional (chuva e estiagem), enquanto que o contrário é observado para as variáveis pH e temperatura da água.