Resumo Com a instauração da política de cotas, ocorreram profundas transformações no perfil dos estudantes das universidades públicas brasileiras. Essa nova composição do corpo discente, com maior representatividade de minorias e/ou estudantes de baixa renda, traz consigo novas demandas relacionadas à saúde mental do estudante. Apesar disso, ainda são escassas as pesquisas que investiguem esse contexto específico. Este estudo visa comparar a saúde mental de estudantes cotistas e não cotistas, avaliando diferenças nas prevalências de sintomas de depressão, ansiedade e estresse entre os dois grupos. Participaram da pesquisa 6.103 estudantes de graduação de uma universidade pública federal, dos quais 2.983 (48,88%) cotistas e 3.120 (51,12%) não cotistas. O levantamento de dados foi feito por meio de questionário on-line contendo questionário sociodemográfico e de hábitos de vida, e pelo Depression Anxiety and Stress Scale, na sua versão reduzida de 21 itens (DASS-21), utilizada para avaliar sintomas de depressão, ansiedade e estresse. Os resultados indicaram que os estudantes cotistas apresentaram maiores prevalências de sintomas de depressão e ansiedade quando comparados aos não cotistas. As áreas de Ciências Exatas e da Terra, e os Bacharelados Interdisciplinares apresentaram maiores diferenças entre os dois grupos em relação a esses problemas em saúde mental. Os resultados apontam para a necessidade de que as universidades estejam atentas às novas demandas em saúde mental dos estudantes e que estas sejam contempladas nas políticas de atenção à saúde estudantil.