Introdução: A respiração bucal (RB) em crianças altera o crescimento, desenvolvimento normal da face, oclusão dos dentes em função do desequilíbrio que ela provoca nas relações entre os sistemas muscular, ósseo e dental. Objetivo: Objetivou-se avaliar a prevalência de alterações no sistema estomatognático em crianças respiradoras bucais da Clínica Escola de Odontologia do Centro Universitário de João Pessoa-PB. Metodologia: Realizou-se um estudo exploratório, descritivo e transversal, com abordagem quantitativa. A coleta de dados foi realizada por meio do preenchimento de um formulário elaborado pelos pesquisadores que foi utilizado para a transcrição das informações pertinentes aos prontuários da Clínica Infantil, no total de 400 prontuários. Os dados coletados foram tabulados e compilados nos programas Microsoft Excel e Microsoft Word, em seguida foram analisados com total confidencialidade. Foi realizada análise descritiva e analítica de acordo com as variáveis obtidas. Resultados: De acordo com o resultado obtido nesta pesquisa, 44% das crianças pesquisadas por meio dos prontuários foram declaradas respiradoras bucais, e apenas 15.25% das crianças não apresentaram nenhum tipo de alteração pesquisada; 40,44% apresentaram mordida aberta, 37% apresentaram mordida cruzada, 22,59% deglutição atípica e 11,86% palato profundo. Conclusão: Conclui-se que a maioria das crianças respiradoras bucais atendidas na clínica escola do UNIPÊ apresentam algum tipo de alteração no Sistema Estomatognático.