A criptococose é uma micose sistêmica que em cães frequentemente está envolvida com lesões nos sistemas respiratório e nervoso central. O acometimento do sistema gastrointestinal por este fungo é considerada rara. O objetivo deste estudo é relatar um caso de criptococose intestinal em um cão, macho, da raça Boxer, de quatro anos, com histórico de êmese e diarreia sanguinolenta há cinco dias. Ao exame físico foi constatado dor abdominal e estrutura firme em região mesogástrica. Após realização de exame ultrassonográfico sugestivo de intussuscepção, realizou-se a celiotomia exploratória, e foi visualizada uma lesão nodular de 5cm na parede do jejuno, retirada por enterectomia. O fragmento intestinal contendo a lesão foi encaminhado para análise histopatológica. Na macroscopia, a massa apresentava aspecto gelatinoso aos cortes, com superfície de corte compacta e tonalidade creme. No exame histopatológico, observou-se acentuada quantidade de estruturas leveduriformes, redondas ou ovoides, circundada por espessa cápsula, e discreto e difuso processo inflamatório mononuclear. A coloração pelo ácido periódico de Schiff (PAS) ajudou a confirmar a infecção pelo fungo do gênero Cryptococcus. Não foi possível dar continuidade ao caso, uma vez que o proprietário não retornou mais ao atendimento. Sugere-se que a porta de entrada da criptococose neste estudo, tenha sido através da ingestão da levedura desidratada, ou pela entrada do agente na extensa ulceração em jejuno, já que o mesmo pode ser encontrado em intestino delgado de cães saudáveis e de cães com enteropatia crônica. Conclui-se que, apesar da criptococose intestinal em cães ser considerada rara, recomenda-se a inclusão nos diagnósticos diferenciais de lesões que acometem os segmentos intestinais sem o envolvimento clínico de demais sistemas.