Pada tahun 2011, penumpang Bandara Adisutjipto Yogyakarta dikatakan melebihi kapasitas yaitu mencapai 4 juta penumpang per tahun, melebihi kapasitasnya yaitu 1,2 juta penumpang per tahun. Untuk mengatasi masalah tersebut, PT. Angkasa Pura 1 memutuskan untuk membangun Bandara New Yogyakarta International Airport yang terletak di Wates, .K.abupaten Kulon Progo. Akses bandara ini difasilitasi moda kereta api. Dalam perencanaan yang ada, terdapat dua desain trase yang berbeda yang disajikan oleh PT. Angkasa Pura 1. Oleh karena itu, dibutuhkan analisa kelayakan finansial kereta bandara NYIA dengan memperhatikan perubahan kebutuhan lahan pada kedua desain trase. Dari data-data yang didapat, dilakukan perhitungan jumlah penumpang kereta Bandara NYIA dengan hasil 77,89% penumpang Bandara NYIA menggunakan kereta bandara. Setelah itu dilakukan analisis biaya investasi untuk kedua rute. Investasi untuk trase 1 sebesar Rp544,973,487,977 dan investasi untuk trase 2 adalah Rp1,145,963,930,152.92. Setelah itu dilakukan kelayakan finansial metode NPV, BCR dan IRR untuk kedua trase. Perhitungan kelayakan secara finansial menunjukkan nilai NPV untuk trase 1 adalah Rp10,791,607,297,048.50 sedangkan nilai NPV untuk trase 2 adalah Rp10,333,668,097,720.70. Nilai BCR untuk trase 1 adalah 9.797 sedangkan nilai BCR untuk trase 2 adalah 6.626. Nilai IRR untuk trase 1 adalah 112.68% sedangkan nilai IRR untuk trase 2 adalah 58.28%. Berdasarkan perhitungan kelayakan secara finansial, trase 1 kereta bandara memiliki nilai kelayakan finansial yg lebih baik dari trase 2.