KERAGAMAN GENETIK POPULASI IKAN BERONANG ( Siganus guttatus ) DI SELAT MAKASSAR DAN TELUK BONE MENGGUNAKAN METODE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman genetik populasi ikan beronang di perairan Selat Makassar dan Teluk Bone dengan metode random amplified polimorphic DNA (RAPD). Sampel ikan beronang diperoleh dari tiga lokasi di perairan Selat Makassar (Polman, Barru, dan Takalar) dan satu lokasi di perairan Teluk Bone (Malili). Sebanyak 8 ekor ikan beronang dari tiap-tiap lokasi dipreservasi dengan larutan TNES urea buffer. Ekstraksi DNA genom dengan metode Phenol-Chloroform. Di antara tujuh screening primer, lima primer diseleksi untuk analisis RAPD. Keragaman genetik dianalisis menggunakan software TFPGA (Tools For Population Genetic Analysis). Kedekatan hubungan kekerabatan ditampilkan dalam dendrogram. Hasil Penelitian menunjukkan bahwa ikan beronang populasi Malili, Teluk Bone menghasilkan polimorfik tertinggi yaitu 63,24% dan terendah dari populasi Barru, Selat Makassar yakni 40,30%. Indeks similaritas tertinggi (0,83) diperoleh antara populasi Polman dan Barru, dan indeks similaritas terendah (0,65) antara populasi Barru dengan populasi Malili. Hubungan kekerabatan berdasarkan jarak genetik ikan beronang pada penelitian ini diperoleh dua kelompok utama yaitu populasi Selat Makassar dan Teluk Bone. Ketiga populasi ikan beronang asal perairan Selat Makassar merupakan satu kelompok dan terpisah dari ikan beronang populasi Malili, Teluk Bone.

Phylogenetic Study of Zebrafish (Amatitlania nigrofasciata) as an Introduction Spesies in Buyan Lake

“…Phylogenetic analysis was clarified with the results of calculating the genetic distance (pairwise distance calculation). It is according to Lante et al (2011) that the closeness of kinship relation is determined by the genetic distance and the position of accessions that are compared in dendrogram. The furthest genetic distance between the Zebrafish's base sequence in Buyan Lake and the base sequence data on the gene bank of 0.113 (Rocio ostofasciata EU751752) ( Table 3).…”

“…The result of analysis of genetic distance between species from COI locus can be seen that the nearest genetic distance between Zebrafish's base sequence in Buyan Lake (Amatitlania nigrofasciata 07 ZB FISHBCL BD, Amatitlania nigrofasciata 17 ZB FISHBCL BD, Amatitlania nigrofasciata 13 ZM FISHBCH BD, Amatitlania nigrofasciata 06 ZM FISHBCL BD , Amatitlania nigrofasciata 12 ZB FISHBCL BD, Amatitlania nigrofasciata 20 ZM FISHBCH BD, Amatitlania nigrofasciata ZA FISHBCL BD, Amatitlania nigrofasciata 20 ZA FISHBCL BD) with base sequence data on gene bank (Amatitlania nigrofasciata KU568740, Amatitlania nigrofasciata KU568739, Amatitlania nigrofasciata KU568737, Amatitlania nigrofasciata KJ552531, Amatitlania nigrofasciata KU568738) of 0 (Table 3). According to Lante et al (2011) the smaller genetic distance means has smaller genetic variation and closly kinship with a population. The low genetic distance indicates the uniformity of population.…”

VARIASI GENETIK IKAN BERONANG (Siganus guttatus) ASAL PERAIRAN BARRU, LAMPUNG, DAN SORONG MENGGUNAKAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorfism DNA)

“…Kendala utama budidaya ikan beronang adalah kurang tersedianya benih, karena benih yang bersumber dari alam bersifat musiman, tidak seragam, dan belum dikelola dengan baik. Upaya pembenihan perlu segera dilakukan untuk mengurangi ketergantungan di alam, pemenuhan kebutuhan benih untuk budidaya, dan kelestarian dalam rangka pemulihan populasi di alam (Lante, 2010). Upaya pembenihan ikan beronang telah dilakukan oleh Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau Maros, mulai dari teknik pematangan gonad sampai pemijahan telah berhasil dilakukan dengan cara manipulasi hormonal (Lante et al, 2008), namun sintasan larva masih rendah (Lante & Palinggi, 2010).…”

“…(Liu & Cordes, 1999); 1-9 pita pada ikan nila, Oreochromis niloticus (Arifin et al, 2007); dan 3-8 pita pada ikan Channa punctatus (Nagarajan et al, 2006). Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa ukuran pita DNA ikan beronang berkisar 175-1.500 bp yang tidak berbeda antar ketiga populasi, namun berbeda dengan ukuran pita ikan beronang antara perairan Polman dan Malili sebesar 0,3768 (Lante, 2010). Ikan beronang populasi Barru, Lampung, dan Sorong menghasilkan kisaran genotipe berturut-turut 5-7, 5-9, dan 6-9.…”

GENETIC VARIABILITY OF THREE POPULATIONS OF FLYING FISH, Hirundichthy oxycephalus FROM MAKASSAR STRAIT

“…In contrast to isozymes, RAPD provides a more arbitrary sample of the genome and generates essentially unlimited numbers of loci for use in genetic analysis (Fritsch & Rieseberg, 1996). Genetic differentiation based on RAPD analysis in various fish species has been noted in many studies (Bielawski & Pumo, 1997;Coccone et al, 1997;Koh et al, 1999;Liu et al, 1999;Imron et al, 2009;Mulyasari et al, 2010, Moria et al, 2010Imron et al, 2010;Iskandariah et al, 2011;Lante et al, 2011;Nugroho et al, 2011). But so far, no published data on genetic variation of the populations of flying fish H. oxycephalus from Makassar Strait, Indonesia.…”