ABSTRAKInfeksi white spot syndrome virus (WSSV) dapat menyebabkan kematian massal pada budidaya udang windu Penaeus monodon di Indonesia. Infeksi yang terjadi secara sistematis tersebut disebabkan oleh peran gen nucleocapsid viral protein . Upaya pengembangan gen VP-15 WSSV untuk menginduksi respons imun dan menetralisasi terhadap infeksi WSSV pada udang windu perlu dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan merekombinasikan gen penyandi VP-15 WSSV sebagai vaksin dsRNA, serta menganalisis aplikasinya pada udang windu. Gen VP-15 diisolasi dari udang windu yang terinfeksi WSSV, dikloning ke dalam suatu vektor dan ditransformasikan ke sel kompeten (bakteri Escheria coli DH5). Plasmid diisolasi untuk mengonfirmasi insert region gen VP-15 melalui sekuensing nukleotida. Pembuatan vaksin rekombinan dilakukan secara in-vitro menggunakan kit MEGAscript RNAi dan diaplikasikan ke udang windu melalui metode injeksi dengan dosis tunggal 0,2 µg dan kontrol (tanpa injeksi vaksin). Hewan uji yang digunakan berukuran panjang 14,75±3,17 g dan bobot 11,64±0,76 cm; serta dipelihara pada wadah bak fiber volume 250 L dengan kepadatan 10 ekor/bak. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen penyandi VP-15 telah diisolasi dari udang windu dan vaksin rekombinan telah dihasilkan secara in-vitro. Analisis sekuens nukleotida memperlihatkan bahwa sisipan gen DNA VP-15 sebesar 253 bp dan menunjukkan kemiripan yang tinggi (99%) pada GenBank. Penggunaan vaksin rekombinan dsRNA dengan dosis 0,2 µg memperlihatkan sintasan udang windu yang dapat mencapai 40,0% dibandingkan dengan kontrol hanya 3,3% (peningkatan 36,7%). Gambaran histopatologi pada jaringan hepatopankreas udang windu pada perlakuan kontrol menunjukkan adanya kerusakan inti sel, akibat infeksi WSSV. Gene VP-15 berpotensi sebagai bahan vaksin rekombinan dsRNA dalam mencegah infeksi WSSV.

Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman genetik populasi ikan beronang di perairan Selat Makassar dan Teluk Bone dengan metode random amplified polimorphic DNA (RAPD). Sampel ikan beronang diperoleh dari tiga lokasi di perairan Selat Makassar (Polman, Barru, dan Takalar) dan satu lokasi di perairan Teluk Bone (Malili). Sebanyak 8 ekor ikan beronang dari tiap-tiap lokasi dipreservasi dengan larutan TNES urea buffer. Ekstraksi DNA genom dengan metode Phenol-Chloroform. Di antara tujuh screening primer, lima primer diseleksi untuk analisis RAPD. Keragaman genetik dianalisis menggunakan software TFPGA (Tools For Population Genetic Analysis). Kedekatan hubungan kekerabatan ditampilkan dalam dendrogram. Hasil Penelitian menunjukkan bahwa ikan beronang populasi Malili, Teluk Bone menghasilkan polimorfik tertinggi yaitu 63,24% dan terendah dari populasi Barru, Selat Makassar yakni 40,30%. Indeks similaritas tertinggi (0,83) diperoleh antara populasi Polman dan Barru, dan indeks similaritas terendah (0,65) antara populasi Barru dengan populasi Malili. Hubungan kekerabatan berdasarkan jarak genetik ikan beronang pada penelitian ini diperoleh dua kelompok utama yaitu populasi Selat Makassar dan Teluk Bone. Ketiga populasi ikan beronang asal perairan Selat Makassar merupakan satu kelompok dan terpisah dari ikan beronang populasi Malili, Teluk Bone.

ABSTRAKUdang windu transgenik merupakan udang hasil rekayasa dengan mengintroduksikan gen antivirus yang diisolasi dari udang windu untuk menghasilkan fenotipe yang lebih baik. Domestikasi udang transgenik telah dilakukan dan berhasil memijah/bertelur, tetapi umumnya telurnya infertil yang disebabkan tidak terjadinya pembuahan di tambak pemeliharaan. Udang betina tidak kawin ditandai tidak membawa spermatofor di telikumnya. Upaya untuk mendapatkan telur fertil udang dengan inseminasi buatan (IB) perlu dilakukan. Tujuan penelitian untuk mengevaluasi performa reproduksi udang betina transgenik dan mutu larva yang dihasilkan pasca IB menggunakan sumber spermatofor yang berbeda. Penelitian ini dirancang dengan tiga perlakuan yaitu: IB menggunakan spermatofor udang windu jantan transgenik (SJT), spermatofor udang windu jantan alam Sulawesi Selatan (SulSel) (SJS) dan spermatofor udang windu jantan alam Aceh (SJA). IB dilakukan pada udang windu betina transgenik setelah dua hari moulting. Hasil penelitian menunjukkan bahwa udang windu betina transgenik pasca IB perlakuan SJT menghasilkan total telur fertil sebanyak 766.949 butir, perlakuan SJS 535.644 butir dan perlakuan SJA 678.016 butir dengan daya tetas telur fertil yaitu: pada SJT, SJS, dan SJA masing-masing adalah 53,5%; 53,7%; dan 55,0%. Uji vitalitas larva dengan perendaman dalam larutan formalin 150-200 mg/L, perendaman air tawar: 5-15 menit, dan pengeringan 3-9 menit menghasilkan sintasan larva udang yang relatif sama pada ketiga perlakuan. Nilai morfologi larva perlakuan SJT, SJA, dan SJS adalah masing-masing 85,0; 84,5; dan 75,0. Dari hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa performa reproduksi udang windu betina transgenik dan mutu larva yang dihasilkan pasca IB tidak dipengaruhi oleh sumber spermatofor induk udang windu jantan Penaeus monodon. KATA KUNCI: inseminasi buatan; performa reproduksi; spermatofor; udang windu transgenik ABSTRACT:Reproductive performance of transgenic tiger shrimp, Penaeus monodon post artificial insemination using different sources of spermatophores. By: Samuel Lante, Andi Tenriulo, and Andi Parenrengi

White spot syndrome virus (WSSV) has caused mass mortality on tiger shrimp (Penaeus monodon) culture and adversely affects prawn industry worldwide including Indonesia. It is well known that the protein structure of WSSV plays an important role in the virus infection and morphogenesis process. A viral protein structure called VP-15 is located in the nucleocapsid of virion virus. The protein structure involves in the life cycle of WSSV in host cells. A gene encoding VP-15 could be involved in constructing the RNA interference (RNAi), so it is needed to isolate and characterize for RNAi technology purpose. The study was aimed to isolate and characterize the VP-15 from the infected WSSV tiger shrimp. The characterization of VP-15 was undertaken through assessment of nucleotide sequence, amino acid deduction, alignment nucleotide/protein searches using Genetyx and BLAST program, and dendrogram construction analysis. The results showed that VP-15 was successfully isolated in form of ORFDNA with a fragment size of 243 bp. The phylogenetic tree analysis revealed three clusters corresponding to the time (year) of isolates collection. The VP-15 consisted of 80 amino acids, two start codons (ATG), one stop codon (TAA), and one Kozak context (AAAATGG). Hydrophilic amino acid was the highest composition (44.2%), followed by neutral (31.2%) and hydrophobic (24.6%) amino acid groups. The VP-15 was rich in amino acid of lysine (21.3%), arginine (22.9%) and serine (24.6%). The successful isolation of VP-15 is a very important step in providing a basic yet suitable material in constructing the dsRNA vaccine to control shrimp diseases in aquaculture.

Karakterisasi genetika rumput laut Kappaphycus alvarezii telah dilakukan dengan menggunakan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dengan tujuan untuk mengetahui variasi genetika rumput laut K. alvarezii dari beberapa lokasi budi daya di Sulawesi Selatan yakni Polmas, Pinrang, Takalar, dan Bantaeng. Sampel dipreservasi dengan menggunakan larutan TNES-Urea sebelum ekstraksi DNA. Ekstraksi genom DNA dilakukan dengan menggunakan metode konvensional fenol-khloroform. Amplifikasi DNA dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Untuk dokumentasi riset, hasil PCR dielektroforesis pada agarosa gel dengan menggunakan buffer TBE. Data dianalisis menggunakan program Tools for Population Genetic Analyses (TFPGA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kelima “primers” (P-40, P-50, DALRP, Ca01, dan Ca-02) yang digunakan dapat menghasilkan beberapa fragmen spesifik yang mengindikasikan fragmen spesifik spesies dan lokasi budi daya K. alvarezii. Keragaan genetika intra dan inter lokasi rumput laut menunjukkan variasi yang relatif kecil yang ditandai dengan rendahnya perbedaan jumlah/ukuran fragmen DNA, polimorfisme, indeks similaritas, dan jarak genetikanya. Total fragmen yang didapatkan dari lima primer adalah 47—55 pada ukuran fragmen 175—2.600 bp, sedangkan polimorfisme dan indeks similaritas masing-masing adalah 3,6%—31,0% dan 0,79%—0,99%. Jarak genetika antar beberapa lokasi K. alvarezii berkisar antara 0,1758—0,5689 di mana kekerabatan yang terdekat didapatkan antara Takalar dan Bantaeng.Genetic characterization of seaweed Kappaphycus alvarezii was observed using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique to reveal the genetic variability of seaweed from different locations in South Sulawesi. The sample of farmed seaweed K. alvarezii was collected from Polmas, Pinrang, Takalar, and Bantaeng. Genomic DNA was extracted by using the conventional method of phenol-chloroform. Sample was preserved by TNES-Urea buffer prior to DNA extraction. DNA was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) method. DNA Fragment was documented by gel electrophoresis using TBE buffer. The data was analyzed by computer program called Tools for Population Genetic Analyses (TFPGA). The results showed that the five primers (P-40, P-50, DALRP, Ca-01, and Ca-02) used, revealed specific fragment for species and location of K. alvarezii . The low genetic variability both intra and inter locations of farmed seaweed was indicated by variation in total and size of DNA fragment, polymorphism and similarity index. The total of fragment generated by the five primers was 47—55 in size range of 175-2,600 bp, while proportion of polymorphism and similarity index were 3.6%—31.0% and 0.79%—0.99%, respectively. Genetic distance between farmed seaweed was 0.1758—0.5689 where the closest genetic distance was found between Takalar and Bantaeng.