Daerah Nage merupakan bagian dari jalur vulkanisme Busur Sunda-Banda yang membentuk rangkaian en-echelon di Pulau Flores. Tatanan tektonik regional di Pulau Flores yang cukup kompleks menyebabkan adanya struktur geologi yang intensif di daerah penelitian. Metode penelitian yang digunakan meliputi pengamatan struktur geologi melalui analisis kelurusan topografi, kelurusan sungai, fitur melingkar dan densitas kelurusan (fracture fault density) dengan menggunakan citra DEMNAS serta pengukuran secara langsung di lapangan terhadap unsur-unsur struktur geologi primer dan sekunder pada 87 stasiun pengamatan. Pengukuran terhadap 441 kedudukan struktur geologi di daerah penelitian, menunjukkan bahwa struktur geologi sekunder, utamanya berupa kekar gerus, yang berguna untuk membuktikan kehadiran sesar yang memotong batuan berumur Kuarter pada daerah penelitian. Hasil analisis kinematika menyimpulkan bahwa terdapat sesar geser oblik berarah baratlaut-selatan tenggara dan timurlaut-baratdaya serta sesar geser berarah timur laut-baratdaya. Daerah penelitian terdapat fitur melingkar yang berasosiasi dengan peruntuhan kaldera dan pembentukan kawah. Analisis dinamik sesar untuk menentukan arah tegasan kompresif menunjukkan bahwa daerah penelitian mengalami deformasi kompresional berarah utara timurlaut-selatan baratdaya dengan arah tegasan maksimum (σ1) 16°, N 203°E dan arah tegasan minimum (σ3) 17,5°, N 297,1°E. Keberadaan struktur sesar diinterpretasikan memiliki peran sebagai jalur fluida terhadap sistem panas bumi Nage yang tampak dari kehadiran manifestasi panas bumi dan alterasi hidrotermal. Berdasarkan konfigurasi sesar, manifestasi, dan alterasi hidrotermal disimpulkan bahwa setidaknya terdapat tiga aliran fluida, yakni aliran fluida hidrotermal yang naik melalui sesar F1 dan dibatasi sesar F3, aliran fluida yang naik melalui sesar F2, dan aliran fluida hasil pendidihan yang naik melalui F10.