Os pigmentos Monascus, além de possuírem cores atrativas, possuem alto poder corante, entretanto, podem ser instáveis em temperaturas elevadas e pH extremos. Nesse contexto, alguns métodos alternativos vêm surgindo para favorecer sua estabilidade, como a liofilização. Este estudo buscou avaliar o efeito da liofilização na estabilidade frente à temperatura (50 a 90 ºC) e pH (3 a 8) dos pigmentos de Monascus purpureus CCT 3802 produzidos por fermentação submersa. A estabilidade térmica se baseou na determinação da constante de degradação térmica (Kd), tempo de meia vida (t1/2), energia de ativação (Ea), valor de redução decimal (D), Valor Z e a análise termodinâmica que foram calculados antes e após a liofilização. O extrato bruto apresentou um valor de Kd= 0,232 h-1, t1/2= 3,0 h e valor D = 9,93 h a 90 ºC e valor Z = 31,25 h. Entretanto, o extrato liofilizado apresentou Kd = 0,167 h-1, t1/2= 4,2 h e valor D = 13,84 h a 90 ºC e valor Z = 58,82 h, demonstrando maior estabilidade deste extrato à altas temperaturas. Os resultados obtidos em relação à estabilidade ao pH demonstraram que a liofilização apresentou menor degradação dos pigmentos, com percentual de pigmentos variando de 100 a 96% em 60 min. Portanto, a tecnologia de secagem por liofilização se mostrou uma excelente alternativa para aprimorar a estabilidade dos pigmentos sintetizados por Monascus purpureus CCT 3802.