The contemporary phase of capitalism has led to an intensification of the process of “accumulation by dispossession,” which entails a growing conflict between territorial displacement and indigenous resistances. These conflicts manifest in projects for autonomy that take on diverse forms. Here, we address the origins of these various concepts of autonomy while focusing on their corresponding dilemmas and strategic choices across different historical contexts. Finally, we look at the examples of Zapatista autonomy in Mexico, the experiences of the Purépecha community of Cherán, and the Mapuche struggle in Wallmapu/Chile, three distinct models where organizational processes themselves forge new collective subjectivities meant to confront neoliberal capitalist dispossession. La fase contemporánea del capitalismo ha generado una intensificación del proceso de “acumulación por desposesión,” lo cual implica crecientes conflictos entre el despojo territorial y las resistencias indígenas. Éstas se manifiestan en formas diversas de proyectos de autonomía. Analizamos el origen de las variantes del concepto de autonomía, enfocando en sus correspondientes dilemas y sus opciones estratégicas en diversos contextos históricos. Finalmente, consideramos las experiencias de la autonomía zapatista, la comunidad purépecha de Cherán, y la lucha mapuche en Wallmapu/Chile, tres modelos distintos en donde el propio proceso organizativo forja nuevas subjetividades colectivas para enfrentar el despojo del capitalismo neoliberal.