Introducción. La pudrición de mazorca en maíz causada por Fusarium verticillioides es una enfermedad de las más importantes en el mundo. En México ocasiona pérdidas de hasta 30 %. El incremento en los niveles de esta enfermedad en los últimos años requiere inspecciones en las zonas productoras para identificar las principales cepas que afectan el grano de maíz. Objetivo. Determinar la variabilidad morfológica y patogénica de aislados de F. verticillioides de muestras de maíz de la zona productora de maíz La Ciénega/Chapala, México, e identificar la mejor técnica de inoculación del patógeno en mazorcas. Materiales y métodos. Se obtuvieron veinte aislamientos de F. verticillioides de muestras de granos de maíz con síntomas de la enfermedad. Los aislamientos se usaron para inocular, mediante diferentes técnicas, mazorcas en desarrollo (R2) del maíz P-3057 cultivado en Tepatitlán, Jalisco en el ciclo Primavera/Verano 2019 bajo condiciones de temporal. Se evaluó la incidencia y severidad de la infección (SDI) de los aislamientos y la morfología microscópica de las cepas. Resultados. Los aislamientos de F. verticillioides difirieron en color de la colonia, tipo de micelio, abundancia y coloración del micelio vegetativo. La incidencia y severidad fueron estadísticamente diferentes entre los aislamientos de F. verticillioides y las técnicas de inoculación probadas, con interacción entre aislamientos y técnicas de inoculación. La incidencia de la enfermedad mostró valores de 82 y 95 % con las técnicas de inoculación por aspersión y del palillo, respectivamente. La SDI varió entre 8 % y 15,5 % con las técnicas de inoculación por aspersión y palillo, en ese orden. Conclusiones. Las cepas de F. verticillioides mostraron variabilidad para patogenicidad y severidad de la infección. La patogenicidad se relacionó con la técnica de inoculación utilizada. La técnica de inoculación del palillo fue la que presentó mayor incidencia y severidad de la infección.