Una limitada coordinación asistencial impide garantizar una atención integrada, eficiente y de calidad. El objetivo del estudio fue explorar la percepción de profesionales de salud sobre la coordinación entre niveles de atención y los factores que la influyen. Se realizó un estudio cualitativo mediante el análisis de contenido de 54 entrevistas semiestructuradas y 11 grupos focales con personal de dos redes de servicios de salud en Xalapa y Veracruz, México. Los entrevistados refirieron dificultades para el seguimiento de los pacientes, desacuerdos respecto a los criterios de referencia, barreras de acceso a la atención especializada, baja calidad de los formatos de referencia, escasa recepción de los formatos de contrarreferencia y dificultades para seguir los circuitos de referencia. Atribuyeron estos problemas a la insuficiencia de recursos, la cobertura limitada del Seguro Popular, la sobrecarga de trabajo, falta de supervisión, deficiente formación de los médicos generales y limitada comunicación entre profesionales. Estos resultados coinciden con otros estudios en la región, por lo que se señala la necesidad de reforzar los mecanismos basados en la normalización, introducir estrategias basadas en la adaptación mutua y modificar rasgos de la estructura y cultura organizacional para lograr una coordinación de la atención efectiva, que contribuya a la integración de las redes.