Objetivo: relacionar la percepción de estudiantes de pregrado y la evaluación realizada por pares académicos del Consejo Nacional de Acreditación en relación con el factor procesos académicos, como resultado de la autoevaluación con fines de acreditación en alta calidad. Metodología: el estudio fue observacional, descriptivo, transversal y correlacional. Se analizó la autoevaluación de 3408 estudiantes de 25 programas académicos entre 2014 y 2018, y se comparó con el informe de los pares académicos del Consejo Nacional de Acreditación con respecto al grado de cumplimiento de las características de los programas académicos. Se evaluaron las características que tuvieron mayor variabilidad: apoyo docente, interdisciplinariedad, evaluación y autorregulación, y recursos informáticos. La correlación se analizó utilizando el índice kappa y se consideró un valor de referencia menor de 0.05. Resultados: se encontró una concordancia débil entre las dos evaluaciones con respecto a la calidad de los procesos académicos (k = 0.242). Los pares académicos otorgaron una mejor calificación en las cinco categorías evaluadas. Conclusión: existe diferencia entre la percepción de los estudiantes de pregrado y la evaluación de los pares académicos con respecto a las características del factor procesos académicos, que fueron mejor evaluadas por los pares que por los estudiantes.