A compreensão da base molecular das doenças é cada vez mais importante para seu diagnóstico, prevenção e tratamento. Localizado no braço curto do cromossomo 6, o sistema de histocompatibilidade humano - human leukocyte antigen (HLA) - participa da patogênese de algumas enfermidades psiquiátricas. O surgimento de métodos moleculares para tipificação dos alelos HLA e as recentes atualizações de sua nomenclatura têm contribuído para um melhor entendimento desse sistema. Infelizmente, essas informações não têm sido adequadamente veiculadas na literatura clínica. São objetivos desse trabalho: revisar a estrutura e função dos antígenos HLA, métodos de tipificação e nomenclatura atual e descrever seus mecanismos de associação com esquizofrenia, transtorno bipolar do humor e autismo. Foram pesquisados, através das bases de dados MEDLINE e LILACS, artigos publicados no período de 1995 a 2005, a fim de refletir o conhecimento mais recente sobre o assunto. Conclui-se que os antígenos de histocompatibilidade humanos influenciam o risco, quadro clínico e resposta terapêutica de algumas doenças psiquiátricas, mesmo não sendo eles os únicos atuantes no processo patológico. Embora o HLA tenha sido associado com esquizofrenia (HLA-DRB1*0101), autismo (HLA-DR4) e transtorno bipolar do humor (HLA de classe I), essas associações variam entre diferentes etnias e formas clínicas das doenças. A melhor definição de marcadores genéticos associados a distúrbios psiquiátricos é importante para elucidar possíveis mecanismos envolvidos na sua patogenia, estimar o risco individual de desenvolver essas doenças e contribuir para futuras intervenções profiláticas ou terapêuticas.