Resumen: El objetivo principal de este artículo estriba en analizar las características del delito de lesa humanidad y su relación con la violencia sexual en la Jurisdicción Especial Para la Paz (JEP) en Colombia. Dicho análisis se hace a fin de determinar bajo qué parámetros son asumidos los crímenes sexuales para dicha institución y con el objeto, asimismo, de reflexionar sobre dicho tipo de violencia en el marco de los conflictos armados y de los procesos de justicia transicional. Como metodología se parte de la revisión de fuentes documentales y una perspectiva teórica de derechos humanos a fin de dar forma a la reflexión resultante. Finalmente se concluye que tanto el marco jurídico general del país como el control de convencionalidad empujan a que delitos sexuales como la violación sean interpretados por la JEP como una forma de quebrantamiento de la dignidad personal y, por tanto, como formas de tortura.