Este estudo visa determinar a freqüência, correlacionar possíveis agentes causais e monitorizar a ocorrência de malformações múltiplas na população de Pelotas, Rio Grande do Sul, Brasil. Abrange todos os nascimentos ocorridos entre 1990 e 2002 nas maternidades de Pelotas, com peso superior a 500g. Para cada recém-nascido malformado (caso), tomou-se um neonato vivo (controle), pareado a ele, sem malformação e de igual sexo. Formou-se um banco de dados mediante o preenchimento dos formulários-modelo ECLAMC MONITOR edição 1982, que foram tabulados pelo programa SPSS. Para a análise estatística, utilizou-se o Teste t de Student e chi2. No período em estudo nasceram 71.500 crianças. Dentre essas, 0,11% recém-nascidos apresentaram malformações múltiplas. Foram encontrados resultados significativos para o peso, gemelaridade e nascimento, a etnia dos antepassados, a idade paterna, o número de abortos e natimortos prévios. Em Pelotas, a ocorrência de recém-nascidos que apresentavam malformações ao nascer, no período do estudo, foi de 1,37%. A freqüência de recém-nascidos com malformações múltiplas é de 8,1%, predominantemente no sexo feminino e nos nascimentos ocorridos no inverno.