Introducción. En Chile la prevalencia de obesidad total en población escolar alcanza al 31% y la obesidad severa al 10,8%. La Región de Magallanes y Antártica Chilena, es una de las más afectadas por esta epidemia. El diagnóstico nutricional confiable y una intervención oportuna pueden evitar que los niños enfermen y deterioren su calidad de vida. Objetivo: Analizar la tendencia del estado nutricional de escolares de la Región de Magallanes, según datos reportados por la Junta Nacional de Auxilio Escolar y Becas, JUNAEB, entre 2009-2019 y comparar resultados del año 2010 con un estudio propio. Materiales y métodos. Se analizó el estado nutricional de 71.334 escolares de la Región de Magallanes y Antártica Chilena por nivel educacional y variables demográficas, según información de JUNAEB. Luego se compararon los resultados de escolares de 1º básico del año 2010, obtenidos a través de dos metodologías: fuente secundaria, Encuesta JUNAEB, y fuente primaria, estudio antropométrico realizado en la misma región y año. Resultados. Según datos de JUNAEB el exceso ponderal se incrementó en escolares de la región en 4,4 % entre 2009 y 2019, el grupo más afectado fue 1º básico. En el año 2010 la prevalencia de obesidad para escolares de 1º básico según JUNAEB fue 21,8% y según estudio regional propio fue 25,7%. Conclusiones. La malnutrición por exceso afecta al 53,8% de los escolares de la Región de Magallanes y podría ser mayor, considerando que la información censal podría estar subestimando el sobrepeso y obesidad. Es urgente intervenir para evitar perpetuar esta epidemia.