Objetivo: analisar a prevalência de desfechos negativos ao nascer em Santa Catarina e sua relação com a exposição aos agrotóxicos. Materiais e métodos: estudo transversal, quantitativo, sendo a população composta por todos os nascidos vivos do estado entre 2000 e 2017. Obtiveram-se os dados do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos e o cálculo de prevalência baseou-se em 1000 nascidos vivos. Resultados: de 1.591.504 nascidos vivos, 13.089 apresentaram malformação congênita (prevalência=8,22). Os municípios de Pescaria Brava, Presidente Castello Branco e Chapadão do Lageado apresentaram as maiores prevalências desse desfecho (28,64, 25,74 e 17,64, respectivamente). A maior prevalência de baixo peso ao nascer ocorreu na macrorregião serrana, seguida do oeste catarinense. Ouro Verde e Bom Jesus apresentaram as maiores prevalências desse desfecho. Em relação à prematuridade, houve uma prevalência de 84,24 no estado, e as cidades com maior prevalência foram Rancho Queimado (143,11), Pescaria Brava (135,42) e Matos Costa (121,53). Conclusão: observou-se uma prevalência mais elevada de desfechos negativos ao nascer em cidades agrícolas, com grande parte do território ocupado por estabelecimentos agropecuários que utilizam agrotóxicos. Essas alterações podem estar relacionadas à exposição aos agrotóxicos, demonstrando a necessidade de realização de novas pesquisas sobre o tema.