La flora paraguaya contiene cinco especies micoheterótrofas, poco conocidas y con escasos registros. Colecciones botánicas recientes de dos de estas especies, Apteria aphylla (Burmanniaceae) y Voyria aphylla (Gentianaceae), han despertado el interés por el estado de conservación de sus poblaciones dentro del territorio nacional. Este trabajo presenta datos taxonómicos, ecológicos y de distribución de ambas especies, que tienen como fin facilitar su reconocimiento y monitoreo, además de la sistematización de los registros de herbario existentes y un análisis del estado de conservación según el criterio B de UICN. Se encontraron 10 registros de A. aphylla distribuidos en tres departamentos (Alto Paraná, Amambay y Canindeyú) y 8 registros de V. aphylla en cuatro departamentos (Alto Paraná, Caaguazú, Canindeyú y Cordillera). El análisis indica que ambas especies se encuentran amenazadas, y se recomienda la atribución de la categoría de VU B1ab(iii)+2ab(iii). Mayores esfuerzos de monitoreo y colecciones botánicas de estas especies son necesarios para conocer mejor el comportamiento y la evolución del estado de conservación de sus poblaciones.