Problemas de saúde mental em estudantes de medicina afetam o desempenho acadêmico, levam ao abandono e à avaliação negativa do curso e influenciam a vida profissional futura. Objetivou-se estimar a prevalência de problemas de saúde mental e a percepção de qualidade de vida, segundo ciclos do curso. Realizou-se um inquérito epidemiológico, no qual os 1.980 estudantes de graduação em medicina da Universidade Federal de Minas Gerais foram convidados. Em 2018, os estudantes responderam o questionário online (Google Forms), contendo informações sociodemográficas, relacionadas ao curso, comportamentos, saúde mental e qualidade de vida. Realizou-se análise descritiva e comparativa, de acordo com os ciclos (Básico, Teórico-prático e Clínico), por meio do Qui-quadrado de Pearson e ANOVA. A taxa de resposta foi de 74,2% (n=1.470). Depressão (42,8%), ansiedade (19,4%), alterações no sono (70,0%) e pior percepção de qualidade de vida foram mais prevalentes no ciclo Básico; consumo de álcool e de ansiolíticos nos ciclos Teórico-prático (88,3%; 23,5%) e Clínico (86,5%; 27,9%). Maiores prevalências de problemas de saúde mental e pior percepção de qualidade de vida nos dois primeiros anos do curso médico mostram a necessidade de ofertar apoio psicológico aos recém-chegados à universidade, além de melhorar o ambiente educacional.