RESUMEN: La Biotecnología ambiental trata de corregir los desequilibrios causados en el medio ambiente por actividades industriales que alteran los ecosistemas naturales mediante contaminación química o biológica y que también afectan a los grandes ciclos biogeoquímicos en la biosfera, mayoritariamente catalizados por seres vivos, entre los que los microrganismos juegan un papel esencial. Las desviaciones en los balances de compuestos carbonados, nitrogenados y azufrados atmosféricos pueden causar fenómenos de gran complejidad como el calentamiento global, la destrucción de la capa de ozono, la contaminación ambiental o la lluvia ácida. Por otra parte, las interacciones de los microorganismos entre sí y con el medio, desconocidas en su mayor parte, tiene importantes repercusiones en la generación y persistencia de especies químicas que, depositadas en las cadenas tróficas, son altamente tóxicas para los organismos vivos. Para atajar estos problemas es necesario avanzar en el conocimiento a nivel molecular de la ecología microbiana y del funcionamiento de los ciclos biogeoquímicos, aunque no es menos necesario desarrollar tecnologías para la eliminación de contaminantes industriales in situ y ex situ, evitar su producción y utilización incontroladas así como corregir las actuaciones desequilibrantes, actuales o futuras, de la biogeoquímica planetaria.