RESUMO:O café é uma das principais commodities agrícolas comercializados. A estreita base genética de Coffea arabica tem-se refletido em diferentes formas. Além disso, em C. arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado. A utilização de marcadores moleculares como ferramenta para análises da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para tentar diminuir tempo e custo de seleção do melhoramento de espécies perenes como C. arabica. Neste trabalho foi realizada identificação e análise in silico de SSR a partir de dados de RNA-seq de C. arabica-Iapar 59 e de sequenciamento de BACs de C. arabica HDT832/2. Para Iapar 59 foram analisados 77 contigs, encontrados 39 SSR's e desenhados 21 primers. Para HDT832/2 foram analisados também 77 contigs, encontrados 35 SSR's e desenhados 29 primers. Os motivos mais frequentes foram di, tri e tetra, sendo AT o mais frequente entre os genótipos. Esta busca de sequências repetitivas é de grande importância para futura validação e aumento desses marcadores para estudos de diversidade genética.PALAVRAS-CHAVE: marcadores SSR's, análise in silico, RNA-seq, cromossomo artificial de bactéria.
INTRODUÇÃOO café é uma das principais commodities agroindustriais de países em desenvolvimento e uma das mais populares bebidas não alcoólicas. Seu consumo abrange regularmente 40% da população mundial 1 , sendo o Brasil e os Estados Unidos os dois maiores consumidores. O Brasil é também o maior produtor e exportador mundial de café, e a região centro-sul de minas gerais o maior estado produtor com 52,0% na produção nacional 2 . O cultivo no Brasil é em sua maior parte de C. arabica, com cerca de 70% da produção, e o restante de C. canephora (30%) 3 . Para assegurar o poder comercial competitivo do café no país, os programas de melhoramento genético estão sempre buscando soluções para fatores bióticos e abióticos que podem prejudicar a cafeicultura, assim como investir na produção de cultivares com sabor superior e qualidade diferencial. Além disso, os mercados exigem cada vez mais esforços para o desenvolvimento de cafés de melhor de qualidade 4 .Estudos anteriores sobre a caracterização do germoplasma de C. arabica, incluindo análises usando marcadores moleculares relataram a baixa diversidade genética de C. arabica tanto de genótipos selvagens como cultivados 5 . As justificativas para a estreita base de diversidade genética incluem a recente origem da espécie, sua reprodução preferencialmente autógama, e o limitado histórico de dispersão. Além disso, o café é uma cultura perene que exige três anos de crescimento, até a plena maturidade 6 , sendo preciso pelo menos 20 anos para obter uma nova cultivar. Entretanto a utilização de ferramentas como os marcadores moleculares é uma ótima opção, pois permitem acesso à variabilidade genética do cafeeiro e a escolha precoce de características de interesse com menor custo e tempo. Dentre os marcadores moleculares atualmente disponíveis, Simple Sequence Repeats (SSR's) ou microssatélites, são sequências de DNA compo...
