2012
DOI: 10.6026/97320630008260
|View full text |Cite
|
Sign up to set email alerts
|

Mining for SSRs and FDMs from expressed sequence tags of Camellia sinensis

Abstract: Simple Sequence Repeats (SSRs) developed from Expressed Sequence Tags (ESTs), known as EST-SSRs are most widely used and potentially valuable source of gene based markers for their high levels of crosstaxon portability, rapid and less expensive development. The EST sequence information in the publicly available databases is increasing in a faster rate. The emerging computational approach provides a better alternative process of development of SSR markers from the ESTs than the conventional methods. In the pres… Show more

Help me understand this report

Search citation statements

Order By: Relevance

Paper Sections

Select...
1
1

Citation Types

2
13
0
3

Year Published

2014
2014
2021
2021

Publication Types

Select...
6
1

Relationship

1
6

Authors

Journals

citations
Cited by 21 publications
(18 citation statements)
references
References 10 publications
2
13
0
3
Order By: Relevance
“…In Mangifera indica and Nelumbo nucifera, tetranucleotides and pentanucleotides were completely absent, whereas in Tinospora cordifolia, hexanucleotide was completely absent. The dinucleotide repeats (DNRs) are more frequent than the trinucleotide repeats (TNRs) in ESTs of Ananas comosus, Carica papaya, Catharanthus roseus, Jatropha curcas, Morus indica, and Nelumbo nucifera, similar to the previous reports in Actinidia (Fraser et al, 2004), Camellia (Sahu et al, 2012), and Picea species (Rungis et al, 2004). But the frequencies of TNRs were found to be more than DNRs in Citrus aurantium, Cynodon dactylon, Dioscorea alata, Mangifera indica, and Tinospora cordifolia, similar to most previous studies (Cordeiro et al, 2001;Kantety et al, 2002;Varshney et al, 2002;Thiel et al, 2003;Nicot et al, 2004).…”
Section: Discussionsupporting
confidence: 86%
See 1 more Smart Citation
“…In Mangifera indica and Nelumbo nucifera, tetranucleotides and pentanucleotides were completely absent, whereas in Tinospora cordifolia, hexanucleotide was completely absent. The dinucleotide repeats (DNRs) are more frequent than the trinucleotide repeats (TNRs) in ESTs of Ananas comosus, Carica papaya, Catharanthus roseus, Jatropha curcas, Morus indica, and Nelumbo nucifera, similar to the previous reports in Actinidia (Fraser et al, 2004), Camellia (Sahu et al, 2012), and Picea species (Rungis et al, 2004). But the frequencies of TNRs were found to be more than DNRs in Citrus aurantium, Cynodon dactylon, Dioscorea alata, Mangifera indica, and Tinospora cordifolia, similar to most previous studies (Cordeiro et al, 2001;Kantety et al, 2002;Varshney et al, 2002;Thiel et al, 2003;Nicot et al, 2004).…”
Section: Discussionsupporting
confidence: 86%
“…EST sequences were collected for 11 plants: 5941 for Ananas comosus, 77393 for Carica papaya, 20168 for Catharanthus roseus, 14584 for Citrus aurantium, 20497 for Cynodon dactylon, 44134 for Dioscorea alata, 46862 for Jatropha curcas, 1665 for Mangifera indica, 4526 for Morus indica, 2207 for Nelumbo nucifera, and 5498 for Tinospora cordifolia. For the pre-processing and assembly steps, an inhouse software pipeline ESMP (Sarmah et al, 2012) and EGassembler (Masoudi-Nejad et al, 2006) were used. The updated vector sequences were downloaded from the 'UniVec' database (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/UniVec) of NCBI and checked against the downloaded ESTs.…”
Section: Data Source and Est Assemblymentioning
confidence: 99%
“…Genome chè đã được nghiên cứu bằng cách sử dụng các chỉ thị phân tử như chỉ thị DNA đa hình được khuếch ngẫu nhiên (RAPD-Random Amplified Polymorphic DNA) (Li et al, 2005;Lin et al, 2005;Wachira et al, 2001); chỉ thị đa hình chiều dài các đoạn DNA được khuếch đại (AFLP, Amplified Fragment Lenght Polymorphism) (Ji et al, 2009;Mishra et al, 2009;Wachira et al, 2001); chỉ thị đa hình chiều dài các đoạn cắt giới hạn (Restriction fragment length polymorphism, RFLP) (Matsumoto et al, 1994); chỉ thị dựa vào đoạn DNA lặp lại đơn giản (single sequence repeat-SSR) (Ma et al, 2010;Sahu et al, 2012;Sharma et al, 2009;Taniguchi et al, 2012;Zhao et al, 2007). Trong đó, SSR là những đoạn trình tự DNA được lặp lại liên tiếp với những nucleotide motif ngắn (1-6 bp).…”
unclassified
“…Trình tự SSR được xác định từ trình tự DNA genome và cDNA/EST (EST-Expression Sequence Tag). Chỉ thị SSR có nguồn gốc từ cDNA/EST có ưu điểm giảm chi phí và thời gian xây dựng chỉ thị do các đoạn cDNA/EST liên quan trực tiếp đến các gen chức năng, vì vậy, chỉ thị SSR phát triển từ nguồn dữ liệu này có ích hơn (Sahu et al, 2012). Parida et al (2006) đã xác định và mô tả các motif lặp từ các gen đơn bản ở các cây ngũ cốc (lúa, lúa mì, ngô, lúa miến, lúa mạch) và Arabidopsis.…”
unclassified
See 1 more Smart Citation