Mitochondrial DNA differences distinguishing Meloidogyne mayaguensis from the major species of tropical root-knot nematodes

Blok, Vivian C.; Wishart, Jane; Fargette, Mireille; Berthier, Karine; Phillips, M. S.

doi:10.1163/156854102760402559

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“…(Powers & Harris, 1993). Subsequently, the sequence of this region was used to confirm the identification of M. mayaguensis Rammah & Hirschmann, 1988 populations (Blok et al, 2002;Brito et al, 2004).…”

Section: Root-knot Nematodes (Rkn) Of the Genus Meloidogynementioning

confidence: 99%

Phylogeny of Meloidogyne spp. based on 18S rDNA and the intergenic region of mitochondrial DNA sequences

Tigano¹,

Carneiro²,

Jeyaprakash³

et al. 2005

Nematol

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Summary -The 18S rDNA of 19 populations of Meloidogyne spp. was amplified and directly sequenced. The region of mitochondrial DNA, located in the 3 portion of the gene that codes for cytochrome oxidase subunit II (COII) through a portion of the 16S rRNA (lRNA) gene, from 16 of these populations was cloned and sequenced. Heteroplasmic sequences were identified from both rDNA and mtDNA regions for several taxa. Several sequences sampled from nominal taxa differed from previously published accounts. Phylogenetic trees based on alignments of these sequences were constructed using distance, parsimony and likelihood optimality criteria. For 18S rDNA data, three main clades were identified. One well supported clade (86-91% bootstrap) included the most common and widely disseminated species, e.g., M. arenaria, M. javanica and M. incognita, some recently described or redescribed species (M. floridensis, M. paranaensis, and M. ethiopica) plus numerous unidentified isolates. All mitotic parthenogenetic species, except for M. oryzae, were included in this clade. Other, less well supported clades included the amphimictic and facultative meiotic species M. hapla, M. microtyla, M. maritima and M. duytsi. One such clade comprised three meiotic parthenogens (M. exigua, M. graminicola and M. chitwoodi) and M. oryzae. This clade was moderately supported (77% bootstrap) but the relationships within this clade were poor. For mitochondrial DNA data, only the species in clade I from rDNA analysis, and M. hapla were analysed. These species formed a well supported clade (100% bootstrap) to the exclusion of M. mayaguensis and M. hapla. The addition of taxa and mtDNA data to publicly available records improved the discrimination sensitivity of species and atypical, non-identified, isolates.

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Section: Root-knot Nematodes (Rkn) Of the Genus Meloidogynementioning

confidence: 99%

Phylogeny of Meloidogyne spp. based on 18S rDNA and the intergenic region of mitochondrial DNA sequences

Tigano¹,

Carneiro²,

Jeyaprakash³

et al. 2005

Nematol

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“…Enquanto, para a amplificação da região do mtDNA foram utilizados os primers C2F3 (5´-GGTCAATGTTCAGAAATTTGTGG-3`) e 1108 (5`-TACCTTTGACCAATCACGCT-3`) (Powers & Harris, 1993 Esses marcadores permitiram a diferenciação de M. mayaguensis com relação a outras espécies comuns de Meloidogyne devido ao tamanho do produto de amplificação. Os resultados obtidos confirmaram a detecção de M. mayaguensis nas duas propriedades, pois os fragmentos de PCR obtidos foram os mesmos previamente descritos para essa espécie, isto é 780 pb para IGS (Block et al, 1997;Adam et al, 2007) e 705 pb para a região do DNA mitocondrial (Block et al, 2002;Brito et al, 2004;Tigano et al, 2005;Jeyaprakash et al, 2006) …”

unclassified

Detecção de Meloidogyne mayaguensis em goiabeira e mamoeiro no estado de Goiás, usando marcadores moleculares

Siqueira¹,

Freitas²,

Almeida³

et al. 2009

Trop. plant pathol.

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RESUMOMeloidogyne mayaguensis foi detectado pela primeira vez no estado de Goiás, em duas propriedades (Formosa e Luziânia), causando dano em pomares comerciais de goiaba (Psidium guajava) cv. Paluma de um ano de idade e de 14 anos, respectivamente. Plantas infectadas pelo nematóide mostraram redução de crescimento, clorose generalizada, deficiência nutricional e redução qualitativa e quantitativa de produção. As raízes severamente infestadas apresentaram-se pouco desenvolvidas e deformadas pela presença de múltiplas galhas de tamanho variado. Mamoeiros (Carica papaya) cv. Formosa, plantados em consórcio com as goiabeiras na propriedade de Formosa, apresentaram numerosas galhas no sistema radicular, embora, nenhum sintoma secundário de meloidoginose tenha sido observado na parte aérea. A produção de frutos dos mamoeiros foi alta, evidenciando tolerância dessa cultivar ao nematóide. O fenótipo M2 para a isoenzima esterase (Rm: 0,7, 0,9) foi detectado e M. mayaguensis identificado em ambas as culturas e propriedades. As análises com marcadores moleculares espécie-específica usando primers que amplificam regiões intergênicas do DNA ribossomal e do DNA mitocondrial também confirmaram esse diagnóstico. Levantamento realizado, em outras localidades da fazenda em Formosa mostrou a presença de Meloidogyne javanica em baixa população, corroborando a idéia de introdução de M. mayaguensis na área, através do plantio de mudas infectadas, oriundas da região de Petrolina. Na propriedade em Luziânia, o nematóide é provavelmente de ocorrência natural, considerando-se a idade das plantas e o número reduzido de goiabeiras infectadas. Palavras-chave: fenótipo de esterase, DNA ribossômico, DNA mitocondrial, identificação, nematóide das galhas. ABSTRACT Detection of Meloidogyne mayaguensis on guava and papaya in Goiás State of Brazil using molecular markersMeloidogyne mayaguensis was reported for the first time in the State of Goiás (Formosa and Luziânia), causing damage in oneyear old and 14 year-old commercial guava (Psidium guajava) cv. Paluma orchards. Plants infected by the nematode showed symptoms such as stunted growth, general chlorosis, nutrient deficiency and consequent decline in yield quality and quantity. Severely infested root systems were poorly developed, distorted by small and large multiple galls and devoid of fine roots. Plants of papaya cv. Formosa were cultivated in consortium with guava in the Formosa orchard and presented several galls in the root system, but no root-knot-nematode root-knot-nematode secondary symptoms were observed in the aerial part. The production of papaya fruits was high, evidencing tolerance of this cultivar to the symptoms were observed in the aerial part. The production of papaya fruits was high, evidencing tolerance of this cultivar to the were observed in the aerial part. The production of papaya fruits was high, evidencing tolerance of this cultivar to the nematode. The M2 phenotype (Rm: 0.7, 0.9) was detected for the isoenzyme esterase and M. mayaguensis was identified in both crops...

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“…Los productos de PCR obtenidos en este estudio (Cuadro 2), concuerdan con otros estudios reportados (Powers y Harris, 1993;Blok et al, 2002;Powers et al, 2005;Flores, 2008;Humphrey et al, 2011). El producto inicial de PCR de menor tamaño lo presentó el aislamiento de Rosa sp; mientras que los fragmentos de mayor tamaño fueron los reportados para los aislamientos de F. pumilla, Gardenia sp.…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

“…Las especies M. javanica y M. incognita, ambas con productos de PCR de 1,5 kb, se lograron diferenciar entre sí mediante las enzimas HinfI y AluI. Para M. javanica no hubo corte con la enzima HinfI, lo cual mantiene consistencia con lo reportado por otros autores que sugieren la ausencia del sitio de restricción en esta especie (Blok et al, 2002). Además, se obtuvieron patrones de digestión con la enzima AluI que no han sido reportados anteriormente para M. javanica.…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

“…Además, se obtuvieron patrones de digestión con la enzima AluI que no han sido reportados anteriormente para M. javanica. Para esta digestión, los fragmentos obtenidos con ambas enzimas, también mantuvieron relación con valores previamente reportados de esta especie (Blok et al, 2002;Powers et al, 2005;Flores, 2008;PerazaPadilla et al, 2013).…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

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Identificación de especies de Meloidogyne asociadas a plantas ornamentales de altura en Costa Rica.

et al. 2015

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El objetivo del presente trabajo fue identificar especies de nematodos del género Meloidogyne asociadas a plantas ornamentales de altura. El estudio se realizó en el cantón de San Isidro de Heredia, Costa Rica, en un vivero comercial durante el periodo 2011-2012, en diez especies de plantas. Para la identificación se utilizaron mediciones morfométricas de la longitud del estilete, tamaño de cola y región hialina de los juveniles en segundo estado de desarrollo (J2); también se obtuvieron diseños perineales de hembras ovígeras. Se extrajo ADN genómico de un solo individuo J2 y se realizaron análisis mediante la amplificación del espacio intergénico entre la subunidad II del citocromo oxidasa (COII) y la subunidad larga del gen ARN ribosomal mediante la técnica PCR-RFLP. La integración de estos métodos permitió identificar cinco especies de nematodos del género Meloidogyne (M. arenaria, M. hapla, M. hispanica, M. incognita, M. javanica), y se reportaron nuevos patrones de restricción con la enzima AluI para M. hapla y M. javanica. Además se obtuvo el reporte preliminar de M. hispanica, descrito mediante la secuenciación de las regiones del 18S y 28S.

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Mitochondrial DNA differences distinguishing Meloidogyne mayaguensis from the major species of tropical root-knot nematodes

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Phylogeny of Meloidogyne spp. based on 18S rDNA and the intergenic region of mitochondrial DNA sequences

Phylogeny of Meloidogyne spp. based on 18S rDNA and the intergenic region of mitochondrial DNA sequences

Detecção de Meloidogyne mayaguensis em goiabeira e mamoeiro no estado de Goiás, usando marcadores moleculares

Identificación de especies de Meloidogyne asociadas a plantas ornamentales de altura en Costa Rica.

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