Η παγκόσμια αλιεία είναι σε κρίση. Οι πόροι είναι κατά πολύ εξαντλημένοι, άρα οι συλλήψεις μειώνονται. Η αύξηση της θερμοκρασίας της θάλασσας και άλλες ανθρωπογενείς πιέσεις επιδρούν επίσης στο θαλάσσιο περιβάλλον. Τα μεταβαλλόμενα θαλάσσια οικοσυστήματα απαιτούν προσαρμόσιμες και ευέλικτες διαχειριστικές στρατηγικές για τη μείωση των αρνητικών επιπτώσεων στα ενδιατήματα και τη βιοποικιλότητα, την οικονομία και τη διατροφική ασφάλεια. Το έργο αυτό μπορεί να είναι ιδιαίτερα απαιτητικό σε διασυνοριακές περιοχές, όπως η Μεσόγειος θάλασσα, όπου τα αλιευτικά αποθέματα μοιράζονται ανάμεσα σε διαφορετικές χώρες και χρειάζονται διμερείς, συνεργατικές και επιστημονικά ενημερωμένες δράσεις. Η οικοσυστημική προσέγγιση στη διαχείριση της αλιείας απαιτεί η λήψη αποφάσεων να βασίζεται όχι μόνο στα χαρακτηριστικά μεμονωμένων εμπορικών αποθεμάτων, αλλά όλων των συνιστωσών του οικοσυστήματος. Συνεπώς, είναι απαραίτητη μια στροφή από τις μονοειδικές εκτιμήσεις σε πιο περίπλοκα οικοσυστημικά μοντέλα που θα περιλαμβάνουν πολυειδικές τροφικές αλληλεπιδράσεις, περιβαλλοντικές παραμέτρους και ανθρωπογενείς παράγοντες. Η έλλειψη δεδομένων μπορεί να εμποδίσει την πρόοδο προς τέτοιες ολιστικές προσεγγίσεις στην αλιευτική διαχείριση αυξάνοντας την αβεβαιότητα στις εκτιμήσεις αποθεμάτων και τα οικοσυστημικά μοντέλα. Στο δεύτερο κεφάλαιο της διατριβής έγινε εκτίμηση του επιπέδου της υπάρχουσας γνώσης της βιολογίας των Ελληνικών, αλλά και συνολικά των Μεσογειακών θαλάσσιων ψαριών μέσω μιας ανάλυσης κενών που βασίστηκε στην έρευνα της βιβλιογραφίας. Στόχος της ανάλυσης ήταν να εντοπιστούν ερευνητικές τάσεις και μελλοντικές ανάγκες στο πεδίο της βιολογίας των Ελληνικών και Μεσογειακών ψαριών που μπορούν να χρησιμεύσουν στις εκτιμήσεις της κατάστασης των αποθεμάτων, τα οικοσυστημικά μοντέλα και την αλιευτική διαχείριση. Σύμφωνα με την ανάλυση κενών, δεν υπάρχει καθόλου πληροφορία για κανένα από τα μελετώμενα βιολογικά χαρακτηριστικά για 43% των Μεσογειακών και 74% των Ελληνικών ειδών ψαριών, ενώ για 15% και 12% αυτών, αντιστοίχως, υπάρχει πληροφορία για μόνο ένα από τα οκτώ χαρακτηριστικά. Το κενό ανάμεσα στην υπάρχουσα και την επιθυμητή γνώση ήταν μικρότερο για τις σχέσεις μήκους-βάρους οι οποίες, συνολικά στη Μεσόγειο έχουν μελετηθεί για το 43% των ειδών, ενώ ακολουθούν η περίοδος αναπαραγωγής (39%), η σύσταση της δίαιτας (29%), η αύξηση (25%), η ωρίμαση (24%), η διάρκεια ζωής (19%) και η γονιμότητα (17%). Το κενό ήταν πολύ μεγαλύτερο για τη φυσική θνησιμότητα η οποία έχει μελετηθεί μόνο για το 8% των Μεσογειακών θαλάσσιων ψαριών. Ο μπακαλιάρος (Merluccius merluccius), η κουτσομούρα (Mullus barbatus), ο σπάρος (Diplodus annularis), το λυθρίνι (Pagellus erythrinus), ο γαύρος (Engraulis encrasicolus), η σαρδέλα (Sardina pilchardus) και η γώπα (Boops boops) ήταν τα πιο καλά μελετημένα είδη, ενώ οι καρχαρίες και τα σαλάχια ήταν μεταξύ των λιγότερο μελετημένων ειδών. Μόνο 25 είδη ψαριών στη Μεσόγειο ήταν πλήρως μελετημένα με διαθέσιμη πληροφορία για όλα τα βιολογικά χαρακτηριτικά που εξετάστηκαν. Τα κενά στη γνώση διέφεραν για κάθε χαρακτηριστικό ανάμεσα στη δυτική, κεντρική και ανατολική Μεσόγειο. Ο αριθμός των διαθέσιμων καταχωρίσεων ανά είδος εμφάνισε θετική συσχέτιση με τις συνολικές εκφορτώσεις, ενώ δεν συσχετίστηκε με το μέγιστο μήκος, το τροφικό επίπεδο και την εμπορική αξία. Συμπερασματικά, προτείνεται η μελλοντική ερευνητική προσπάθεια να εστιάσει στα λιγότερο μελετημένα είδη (π.χ. καρχαρίες και σαλάχια) και χαρακτηριστικά (π.χ. φυσική θνησιμότητα και γονιμότητα) κάνοντας χρήση όλου του αλιεύματος των επιστημονικών δειγματοληψιών για τη συγκέντρωση δεδομένων. Η μεγάλη έλλειψη δεδομένων σε περιοχές όπως η Μεσόγειος και η Ελλάδα συγκεκριμένα, κάνει επιτακτική την ανάγκη για μεθόδους εκτίμησης της κατάστασης των αποθεμάτων με περιορισμένες απαιτήσεις σε δεδομένα. Μια τέτοια μέθοδος είναι το CMSY το οποίο χρησιμοποιεί τις συλλήψεις και την ελαστικότητα για να εκτιμήσει σημεία αναφοράς αλιευτικής θνησιμότητας (F) και βιομάζας (B) σε σχέση με τη μέγιστη βιώσιμη απόδοση (MSY). Στο τρίτο κεφάλαιο της διατριβής χρησιμοποιήθηκε η μέθοδος CMSY για την εκτίμηση της κατάστασης και του επιπέδου εκμετάλλευσης 42 αποθεμάτων στο Αιγαίο Πέλαγος με βάση χρονοσειρές συλλήψεων και δεδομένα συλλήψεων ανά μονάδα προσπάθειας. Από τα 42 αποθέματα ψαριών και ασπονδύλων, το έτος 2014, τα 37 αποθέματα (88%) βρίσκονταν σε καθεστώς υπερεκμετάλλευσης (F > Fmsy) και 23 (55%) ήταν εκτός ασφαλών βιολογικών ορίων (B < 0.5 Bmsy). Εικοσι δύο αποθέματα (52%) ήταν σε κρίσιμη κατάσταση, δηλαδή υπεραλιευμένα και εκτός ασφαλών βιολογικών ορίων ή εξαντλημένα (B < 0.2 Bmsy). Κανένα απόθεμα δεν μπορούσε να χαρακτηριστεί υγιές, δηλαδή να μην υπόκειται σε υπεραλίευση και να έχει βιομάζα μεγαλύτερη από αυτήν που μπορεί να εξασφαλίσει τη μέγιστη βιώσιμη απόδοση. Η κατάσταση των αποθεμάτων του Αιγαίου συμφωνεί με άλλες έρευνες στη δυτική και κεντρική Μεσόγειο που επίσης δείχνουν κακή κατάσταση με χαμηλά επίπεδα βιομάζας, ως αποτέλεσμα της συνεχούς έντονης υπερεκμετάλλευσης. Η ανάκαμψη των αποθεμάτων απαιτεί μείωση της συνολικής αλιευτικής πίεσης με την εφαρμογή κατάλληλων χωρικών και χρονικών αλιευτικών απαγορεύσεων, καθώς και πιο αποτελεσματική παρακολούθηση και επιτήρηση των αλιευτικών πρακτικών. Σύμφωνα με πολυάριθμες έρευνες, η προστασία από την αλιεία έχει πολυεπίπεδα οφέλη για τους θαλάσσιους οργανισμούς. Στο τέταρτο κεφάλαιο της διατριβής, διερευνήθηκε η επίδραση της μακροχρόνιας απαγόρευσης της αλιείας με τράτα βυθού στην κατάσταση των θαλάσσιων οργανισμών του Θερμαϊκού Κόλπου, ενός σημαντικού αλιευτικού πεδίου στο ΒΔ Αιγαίο Πέλαγος, το οποίο συγκεντρώνει τη δεύτερη μεγαλύτερη αλιευτική προσπάθεια σε μηχανότρατες και γρι γρι στην Ελλάδα και παράγει περισσότερο από το 20% των συνολικών ελληνικών συλλήψεων. Μετρήθηκε η βιομάζα και το σωματικό μήκος ψαριών και ασπονδύλων (έξι εμπορικών και τριών μη εμπορικών παραβενθικών ειδών) σε τρεις περιοχές διαφορετικής αλιευτικής πίεσης, ανάλογα με τη χωρική και χρονική δραστηριότητα των αλιευτικών σκαφών. Η θετική επίδραση των αλιευτικών απαγορεύσεων στα μελετώμενα παραβενθικά αποθέματα φάνηκε από το ότι τα εμπορικά είδη ψαριών εμφάνισαν υψηλότερη βιομάζα στις περιοχές ενδιάμεσης και χαμηλής αλιευτικής πίεσης, καθώς και μεγαλύτερο μέγιστο και μέσο ολικό μήκος ανάλογο της μείωσης της αλιευτικής προσπάθειας. Το μέσο ολικό μήκος των μη εμπορικών ειδών γενικώς δεν διέφερε ανάμεσα στις περιοχές, με εξαίρεση είδη που αλιεύονται και απορρίπτονται εντόνως. Συμπερασματικά, φάνηκε πως η αλιεία μεταβάλλει την πληθυσμιακή δομή και τη βιομάζα των εμπορικών παραβενθικών ειδών στον Θερμαϊκό Κόλπο, ενώ οι μόνιμες χωρικές αλιευτικές απαγορεύσεις συμβάλλουν στη βελτίωση της κατάστασης των πληθυσμών, εντός των ορίων των προστατευόμενων περιοχών, παρέχοντας καταφύγιο στα μεγάλα σε μέγεθος άτομα και διασφαλίζοντας τη σημαντική συμβολή τους στη γονιδιακή δεξαμενή. Η στροφή προς τις πιο ολιστικές οικοσυστημικές προσεγγίσεις στη διαχείριση της αλιείας προϋποθέτει και τη μετάβαση από το επίπεδο των μεμονωμένων ειδών στο επίπεδο του οικοσυστήματος. Τα οικοσυστημικά μοντέλα και συγκεκριμένα το λογισμικό ECOPATH WITH ECOSIM χρησιμοποιούνται ευρέως στο πλαίσιο της οικοσυστημικής προσέγγισης στη διαχείριση της αλιείας για να περιγράψουν τροφικά πλέγματα (από τη βάση τους ως και τα ανώτερα τροφικά επίπεδα) που υπόκεινται σε αλιευτική πίεση και να εκτελέσουν χρονικές και χωρικές προσομοιώσεις με σκοπό την ανάλυση των επιπτώσεων των αλιευτικών δραστηριοτήτων και των περιβαλλοντικών παραγόντων στα υδάτινα οικοσυστήματα. Στο πέμπτο κεφάλαιο της παρούσας διδακτορικής διατριβής, αναπτύχθηκαν δύο μοντέλα βάσης ECOPATH για δύο ημίκλειστες περιοχές στην Ελλάδα με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά οι οποίες ψαρεύονται, τον Θερμαϊκό (βόρειο Αιγαίο Πέλαγος) και τον Παγασητικό Κόλπο (κεντρικό Αιγαίο Πέλαγος). Ο Παγασητικός Κόλπος είναι μια περιοχή ακόμη πιο κλειστή από τον Θερμαϊκό που μπορεί να χαρακτηρισθεί ως μερικώς προστατευόμενη καθώς απαγορεύεται η αλιεία με τράτα βυθού και βιντζότρατα από το 1966. Στα μοντέλα συμπεριλήφθηκαν οργανισμοί χαμηλότερου (φυτοπλαγκτό, ζωοπλαγκτό, ασπόνδυλα), αλλά και υψηλότερου (ψάρια, θαλάσσια θηλαστικά, θαλασσοπούλια) τροφικού επιπέδου, οργανωμένοι σε λειτουργικές ομάδες (33 στον Θερμαϊκό και 31 στον Παγασητικό) ανάλογα με τα οικολογικά και ταξινομικά τους χαρακτηριστικά. Τα αποτελέσματα αποκάλυψαν την ανωριμότητα αμφότερων των συστημάτων πιθανώς εξαιτίας της έντονης αλιευτικής πίεσης που ασκείται στα αποθέματα από τοπικούς αλιευτικούς στόλους που αποτελούνται κυρίως από πολυάριθμα μικρά παράκτια σκάφη. Ωστόσο, ο Παγασητικός Κόλπος φάνηκε να είναι σε καλύτερη κατάσταση, κάτι το οποίο θα μπορούσε να σχετίζεται με τη μακροχρόνια προστασία του από καταστρεπτικές αλιευτικές πρακτικές με συρόμενα εργαλεία. Τα μοντέλα βάσης ECOPATH χρησιμοποιήθηκαν στο έκτο κεφάλαιο της διατριβής για την παραγωγή προσομοιώσεων βιομάζας και συλλήψεων στον χρόνο και την εξέταση σεναρίων μείωσης της αλιευτικής προσπάθειας με το ECOSIM. Οι χρονικές προσομοιώσεις και στα δύο συστήματα έδειξαν μια συνολική υποβάθμιση του οικοσυστήματος στον χρόνο, με μειούμενες τιμές βιομάζας και συλλήψεων κατά την περίοδο βαθμονόμησης των μοντέλων (2000-2016 στον Θερμαϊκό και 2008-2017 στον Παγασητικό), ως αποτέλεσμα των συνδυαστικών επιδράσεων της αλιείας και των περιβαλλοντικών παραμέτρων (συγκεκριμένα των αλλαγών στην επιφανειακή θερμοκρασία της θάλασσας στον Θερμαϊκό). Σε κάθε περίπτωση, τα διαφορετικά σενάρια που εξετάστηκαν και στις δύο περιοχές μελέτης έδειξαν καταφανώς ότι μείωση της συνολικής αλιευτικής προσπάθειας κατά 10-50% οδηγεί σε αναλογικά μεγαλύτερη βιομάζα στο οικοσύστημα που μπορεί, κατά περίπτωση και σε σημαντικά εμπορικά είδη, να ξεπεράσει το 24% (μπακαλιάρος στον Θερμαϊκό Κόλπο και πεσκανδρίτσες Lophius spp. στον Παγασητικό) σε σχέση με το βασικό σενάριο της υφιστάμενης κατάστασης. Φάνηκε, επίσης, από τα μοντέλα πως εξαιτίας των τροφικών αλληλεπιδράσεων μεταξύ των οργανισμών, δεν μπορεί να επιτευχθεί ταυτόχρονη ανάκαμψη της βιομάζας όλων των ομάδων. Το σχετιζόμενο βραχυπρόθεσμο κόστος της ανανέωσης των θαλάσσιων πόρων που προβλέφθηκε ήταν οι χαμηλότερες συλλήψεις που προκύπτουν από τη μικρότερη αλιευτική προσπάθεια. Συμπερασματικά, παρά τη συνδυαστική επίδραση πολλαπλών ανθρωπογενών και περιβαλλοντικών πιέσεων στα οικοσυστήματα, η μείωση των επιπέδων της αλιευτικής εκμετάλλευσης είναι ένας σημαντικός παράγοντας που συμβάλλει στην ανάκαμψη των υπεραλιευμένων θαλάσσιων βιολογικών πόρων. Ελλείψει ακριβών χωρικών δεδομένων για τον Παγασητικό Κόλπο, το μοντέλο ECOSIM του Θερμαϊκού χρησιμοποιήθηκε στο έβδομο κεφάλαιο της διατριβής για την παραγωγή προσομοιώσεων βιομάζας και συλλήψεων στον χώρο και τον χρόνο με το ECOSPACE και την εξέταση σεναρίων εγκαθίδρυσης δυνητικών θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών με διαφορετικά χαρακτηριστικά. Οι θαλάσσιες προστατευόμενες περιοχές αποτελούν αποτελεσματικά εργαλεία για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας και των ενδιαιτημάτων, καθώς και για την προστασία και ανάκαμψη των υπερεκμεταλλευμένων αποθεμάτων που χρησιμοποιούνται εκτενώς στο πλαίσιο της οικοσυστημικής προσέγγισης στη διαχείριση της αλιείας. Για την κατασκευή του μοντέλου έγινε χρήση χωρικών περιβαλλοντικών παραμέτρων, όπως επιφανειακής θερμοκρασίας, βάθους, ενδιαιτήματος, και πρωτογενούς παραγωγής, για την κατανομή των οργανισμών στον χώρο και την παραγωγή χωροχρονικών προσομοιώσεων βιομάζας και συλλήψεων. Οι χωρικές προσομοιώσεις και τα σενάρια στον Θερμαϊκό Κόλπο επιβεβαίωσαν τα εμπειρικά δεδομένα και έδειξαν ότι οι θαλάσσιες προστατευόμενες περιοχές είναι αποτελεσματικά εργαλεία για την αύξηση της βιομάζας των αποθεμάτων εντός των ορίων τους, αύξηση η οποία μπορεί να ξεπεράσει το 18% (στα μικρά πελαγικά ψάρια όπως η φρίσσα Sardinella aurita) και να φτάσει μέχρι το 69% (στα μεγάλα πελαγικά ψάρια όπως οι τόννοι Thunnus spp.) σε σχέση με το βασικό σενάριο της υφιστάμενης κατάστασης. Τα σενάρια εναλλακτικής τοποθέτησης των θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών έδειξαν επίσης ότι το μέγεθος και η θέση τους παίζουν σημαντικό ρόλο στον τρόπο με τον οποίο οι διαφορετικοί οργανισμοί αποκρίνονται στην προστασία. Ωστόσο, για να επιτευχθεί μεγαλύτερο όφελος από την προστασία, φάνηκε ότι η θέσπιση θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών χρειάζεται να συνοδεύεται από παράλληλη μείωση της ολικής αλιευτικής προσπάθειας, και όχι μόνο από ανακατανομή των αλιευτικών δραστηριοτήτων κατά την οποία η πίεση μεταφέρεται απλώς στα όρια των προστατευόμενων περιοχών οδηγώντας τοπικά σε αυξημένες συλλήψεις εξαιτίας των ευεργετικών αποτελεσμάτων της προστασίας. Συμπερασματικά, η ολοκληρωμένη αλιευτική διαχείριση απαιτεί συνδυασμό τόσο παραδοσιακών μονοειδικών προσεγγίσεων, όσο και μιας πιο ολιστικής θεώρησης του οικοσυστήματος που συνυπολογίζει τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των ειδών, καθώς και τις επιπτώσεις των περιβαλλοντικών πιέσεων και των αλιευτικών πρακτικών. Η κακή κατάσταση των αποθεμάτων στο Αιγαίο Πέλαγος συνολικά, αλλά και στα διαταραγμένα οικοσυστήματα του Θερμαϊκού και Παγασητικού Κόλπου, όπως υποδεικνύεται από μονοειδικές μεθόδους εκτίμησης και οικοσυστημικά μοντέλα, τονίζει την επιτακτική ανάγκη για συλλογική σκέψη σχετικά με την εκμετάλλευση των θαλάσσιων πόρων οι οποίοι, παρότι μπορεί να φαίνονται ανεξάντλητοι, σίγουρα δεν είναι. Μπροστά στην ανεξέλεγκτη, σε μεγάλο βαθμό, κλιματική αλλαγή και στις απρόβλεπτες μεταβολές των περιβαλλοντικών παραμέτρων που επιδρούν συνδυαστικά στα οικοσυστήματα, η ρύθμιση της αλιείας, με χωρικούς και χρονικούς περιορισμούς που θα τη διατηρούν σε χαμηλότερα από τα ιστορικά επίπεδα, φαίνεται να είναι η απάντηση στην ερώτηση της βιωσιμότητας και της αειφορίας των θαλάσσιων αλιευτικών πόρων. Τέλος, για την ενίσχυση της απόδοσης και της αξιοπιστίας των μοντέλων, τα οποία αποτελούν βασικά εργαλεία αλιευτικής διαχείρισης, χρειάζεται μελλοντικά να γίνει προσπάθεια ώστε να καλυφθούν τα μεγάλα κενά γνώσης στα βιολογικά και αλιευτικά δεδομένα στη Μεσόγειο συνολικά, αλλά και στην Ελλάδα συγκεκριμένα, καθώς και να αντιμετωπιστούν οι εγγενείς περιορισμοί και η αβεβαιότητα που χαρακτηρίζει τα μοντέλα μειώνοντας την απόδοση και την προβλεπτική τους ικανότητα.