Uno de los problemas ambientales más grandes que ha afectado al planeta es el calentamiento global, por las altas concentraciones de carbono (CO2), esto ha llevado a que cultivos como el café se vean afectados por el cambio climático causado por los gases efecto invernadero (GEI), especialmente por el incremento en la incidencia de plagas y enfermedades. Sin embargo, a través de captura de carbono se contribuye con la mitigación de emisión de GEI. El objetivo de este trabajo fue evaluar el carbono almacenado en la biomasa aérea y bajo el suelo en cuatro sistemas productivos de café castillo de seis años de edad. En un ensayo establecido bajo diseño de bloques completos al Azar (DBCA) con los tratamientos Café a libre exposición (T1), Café-Limón (T2), Café-Guamo (T3) y Café-Carbonero (T4), en tres altitudes: menor a los 1550 msnm, entre los 1550 y 2000 msnm y sobre los 2000 msnm. Se recolectaron datos correspondientes a los diámetros de tallo de plántulas de café y árboles de sombrío con los cuales se aplicaron ecuaciones alométricas para obtener las variables carbono en la biomasa aérea y en raíz y las variables carbono en hojarasca y suelo obtenidos a partir de su materia seca. Se obtuvo diferencias altamente significativas en los cuatro tratamientos evaluados, siendo T4 el que mayor concentración de carbono obtuvo tanto en la biomasa del suelo con 100,14 t ha-1 como en la biomasa aérea con 190,42 t ha-1.