Molecular characterization of cajá, Spondias mombin (Anacardiaceae), by RAPD markers

Lima, Alves; Souza, Valeria; Gomes, Regina Lúcia Ferreira; Lima, P. S. da C.

doi:10.4238/2011.november.25.1

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“…The DNA band number amplified by RAMP-PCR was nearly double than that by traditional RAPD-PCR, and also the amplifications were reproducible. Previous studies indicated that the number of bands produced by traditional RAPD amplifies an average of 5 bands per reaction [29]. Our RAMP-PCR amplified DNA band numbers from different Angelica samples were varied from 8 to 14,…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Efficiency of improved RAPD and ISSR markers in assessing genetic diversity and relationships in Angelica sinensis (Oliv.) Diels varieties of China

Mei

Zhang

Zhu

et al. 2015

Electronic Journal of Biotechnology

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Background: Angelica sinensis is a well-known traditional Chinese medicinal plant. We aimed to assess the genetic diversity and relationships in A. sinensis cultivars collected from different locations of China and also some other Angelica species. Results: We employed an improved random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique for the amplification of DNA materials from ten Angelica cultivars, and the results were verified by inter-simple sequence repeat (ISSR) analysis. Twenty six RAPD primers were used for RAPD, and the amplified bands were found highly polymorphic (96%). Each primer amplified 8-14 bands with an average of 10.25. The cluster dendrogram showed that the similarity coefficients ranged from 0.41 to 0.92. The similarity coefficients were higher among different cultivars of A. sinensis, and lower among different species. Twenty ISSR primers were used for the amplification, and each primer generated 6-10 bands with an average of 7.2 bands per primer. The cluster dendrogram showed that the similarity coefficients ranged from 0.35 to 0.89. Conclusions: This study genetically characterized the Angelica species, which might have a significant contribution to the genetic and ecological conservation of this important medicinal plant. Also, this study indicates that the improved RAPD and ISSR analyses are important and potent molecular tools for the study of genetic diversity and authentication of organisms.

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Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Efficiency of improved RAPD and ISSR markers in assessing genetic diversity and relationships in Angelica sinensis (Oliv.) Diels varieties of China

Mei

Zhang

Zhu

et al. 2015

Electronic Journal of Biotechnology

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“…É necessário manejar os recursos genéticos de maneira a preservar a máxima variabilidade genética dentro das espécies, porém, sem dados sobre a distribuição dessa variabilidade dentro ou entre populações, decisões importantes sobre o manejo e conservação desses recursos não podem ser tomadas. Estudos de diversidade e estrutura genética em espécies arbustivas e arbóreas são frequentemente relatados na literatura (SANTOS et al, 2007;LIMA et al, 2011), reforçando a necessidade desse tipo de estudo para S. reticulata.…”

Section: Introductionunclassified

DIVERSIDADE E ESTRUTURA GENÉTICA DE Senna reticulata

Lima¹,

Lopes²,

Bentes³

et al. 2015

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ResumoSenna reticulata (Willd.) H. S. Irwin & Barneby é uma planta arbórea pioneira em áreas abertas de planícies aluviais da Amazônia e frequentemente usada como planta medicinal. Devido à escassez de informações sobre a diversidade da espécie, caracterizou-se a diversidade genética de populações naturais de S. reticulata por meio de marcadores AFLP. Foram coletadas amostras em quatro populações ao longo do trecho do gasoduto Coari-Manaus: Santa Luzia do Baixio, Nossa Senhora de Nazaré, Matrinchã e Esperança II. Foram utilizados quatro primers de AFLP, resultando num total de 330 locos polimórficos variando de 76,97% a 92,42% entre as populações. O dendrograma e a análise bayesiana de agrupamento permitiram a visualização de um grupo formado pelas populações de Nossa Senhora de Nazaré e Esperança II e outro agrupamento formado por Santa Luzia do Baixio. A população de Matrinchã foi caracterizada como a composição de genes dos dois grupos. O fluxo gênico médio estimado entre as populações foi de 4,04 e o teste de Mantel indicou baixa correlação (r = 0,268) entre as matrizes de distância geográfica e distância genética. De acordo com a análise molecular de variância, a maior diferenciação genética está dentro das populações (82,29%), enquanto a variação interpopulacional foi de 17,71%. Palavras-chave: Diferenciação populacional; marcador AFLP; variabilidade genética. AbstractGenetic diversity and structure of Senna reticulata. S. reticulata (Willd.) H. S. Irwin & Barneby is a pioneer tree that grows in open areas of the Amazon floodplains and is often used as a medicinal plant species. Due to the lack of information on diversity for this species, this research aimed to characterize the genetic diversity of natural populations of S. reticulata by AFLP markers. The samples were collected in four populations along the natural gas pipeline pathway of Coari-Manaus: Santa Luzia do Baixio, Nossa Senhora de Nazaré, Matrinchã and Esperança II. Four AFLP primers were used, resulting in a total of 330 polymorphic loci ranged from 76.97% to 92.42% among populations. The clustering and Bayesian cluster analysis allowed to discriminate a group composed by the Nossa Senhora de Nazaré and Esperança II populations and another group composed by Santa Luzia do Baixio. Matrinchã population was characterized as a gene composition from both groups. Average gene flow among populations was 4.04 and Mantel test showed low correlation (r = 0.268) between the pairwise of geographic and genetic distance matrices. According to molecular variance analysis, the most genetic differentiation is within populations (82.29%), while the inter population variation was around 17.71%.

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“…De acordo com Lima et al (2011), os conhecimentos sobre a variabilidade genética das espécies são um pré-requisito essencial para sua preservação e para o sucesso de programas de melhoramento. Considerando-se a espécie Spondias mombin L., a alta variabilidade genéti-ca entre os acessos tem sido confirmada por inúmeros estudos, envolvendo marcadores morfológicos (Soares, 2005;Mendonça et al, 2008;Cassimiro et al, 2009), isoenzimáticos (Gois et al, 2009) e moleculares (Silva, 2009;Santos & Oliveira, 2008).…”

Section: Introductionunclassified

Divergência genética entre acessos de cajazinho (Spondias mombin L.) no norte do Espírito Santo

et al. 2014

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Genetic divergence among accesses of "cajazinho" (Spondias mombin L.) in the North of Espírito Santo State, BrazilThe study of genetic diversity is a fundamental tool in plant breeding programs, providing important information on characterization, conservation and utilization of the genetic resources available. The aim of this study was to assess the genetic diversity of 35 cajazinho genotypes (Spondias mombin L.), based on physical and chemical characteristics of fruits. The study evaluated 35 cajazinho genotypes (S. mombin L.) in the north of Espírito Santo. The experiment was arranged in a complete randomized design wit 35 treatments and five repetitions to investigate genetic variability among the genotypes of S. mombin. Data were subjected to analysis of variance. Genetic diversity was foung among the S. mombin L. progenies, being the most divergent the progenie C 3. Both the Tocher optimization and UPGMA were partially concordant with the formation of heterotic groups of S. mombin L. progenies; the characteristics that most contributed to the genetic divergence were total titrable acidity (33.33%), fruit weight (28.68%) and the polar diameter (9.80%). Divergência genética entre acessos de cajazinho (Spondias mombin L.) no norte do Espírito SantoO estudo da diversidade genética proporciona informações fundamentais, nos programas de melhoramento gené-tico de plantas, em relação à caracterização, conservação e utilização dos recursos genéticos disponíveis. Objetivouse, com este trabalho, avaliar a divergência genética entre 35 acessos de cajazinho (Spondias mombin L.), com base em características físicas e químicas dos frutos. Os acessos foram selecionados nos municípios de Linhares e Sooretama, Região norte do Espírito Santo. Os dados foram submetidos à análise de variação entre e dentro dos 35 acessos, dispostos em cinco repetições de um fruto, totalmente ao acaso, para investigar a variabilidade genética entre os acessos de S. mombin. Existe divergência genética entre os acessos de S. mombin L., sendo C.3 o mais divergente. Os métodos de otimização de Tocher e o hierárquico UPGMA foram parcialmente concordantes quanto à formação dos grupos heteróticos de progênies de S. mombin L. As características que mais contribuíram para a divergência genética foram acidez total titulável (33,33%), peso de fruto (28,68%) e o diâmetro polar (9,80%). Palavras-chave:características físicas e químicas, análise multivariada, UPGMA, Tocher.

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Molecular characterization of cajá, Spondias mombin (Anacardiaceae), by RAPD markers

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Efficiency of improved RAPD and ISSR markers in assessing genetic diversity and relationships in Angelica sinensis (Oliv.) Diels varieties of China

Efficiency of improved RAPD and ISSR markers in assessing genetic diversity and relationships in Angelica sinensis (Oliv.) Diels varieties of China

DIVERSIDADE E ESTRUTURA GENÉTICA DE Senna reticulata

Divergência genética entre acessos de cajazinho (Spondias mombin L.) no norte do Espírito Santo

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