Objetiva-se refletir sobre os desafios contemporâneos na construção da Política Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (Pnapo) e seus planos, bem como sua interface com uso dos agrotóxicos nos contextos territoriais indígenas e segurança alimentar, associada à conservação da biodiversidade, com ênfase nos polinizadores. Trata-se de uma pesquisa documental, realizada no período de maio a outubro de 2022 nas bases da SciELO e do Google Acadêmico. Esse estudo estrutura-se em quatro fases: na primeira é evidenciada a Construção da Pnapo e seus Planapos I e II; a segunda traz uma reflexão sobre a Pnapo e o caso dos agrotóxicos; na terceira discute-se a relação da Pnapo com os territórios indígenas, o caso das zonas livres de agrotóxico e, por fim, a quarta tece considerações sobre a Pnapo e sua inserção na segurança alimentar com ênfase no serviço ecossistêmico dos polinizadores, na qual é questionado o papel dos agrotóxicos nessa relação. O estudo apontou a importância dos movimentos sociais na construção da Pnapo que, sob o marco da agroecologia (na revalorização do saber popular tradicional ou indígena), ressignificou a discussão de temas relevantes como a problemática dos agrotóxicos na expansão das monoculturas de exportações e a ingerência de zonas livres de agrotóxico em Territórios indígenas, além do comprometimento desses agroquímicos na proteção da biodiversidade e o (re)equilíbrio ecológico. Contudo, aponta-se incertezas no campo sociopolítico e econômico do país provocados pelas reformas ministeriais, legais e de saúde (Pandemia da Covid-19), foram os desafios contemporâneos que mais comprometeram a ação da Pnapo.