Multi-platform comparison of ten commercial master mixes for probe-based real-time polymerase chain reaction detection of bioterrorism threat agents for surge preparedness

Buzard, Gregory S.; Baker, Daniel; Wolcott, Mark J.; Norwood, David; Dauphin, Leslie A.

doi:10.1016/j.forsciint.2012.10.003

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“…Increase of commercial master mix kits enabled diagnostic laboratories to implement real-time PCR. It has been demonstrated that the reverse transcription reaction mainly depends on the initial molecular step (the reverse transcription), choice of master mix reagents, quality of enzymes, concentration of reaction mix components, such as primers, probes and methodology used that can impact the sensitivity of results for real-time PCR assays (SERGERIE et al, 2007;BUZARD et al, Ciência Rural, v.46, n.9, set, 2016.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Canine distemper virus detection by different methods of One-Step RT-qPCR

et al. 2016

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Three commercial kits of One-Step RT-qPCR were evaluated for the molecular diagnosis of Canine Distemper Virus. Using the kit that showed better performance, two systems of Realtime RT-PCR (RT-qPCR) assays were tested and compared for analytical sensitivity to Canine Distemper RESUMO Três kits comerciais de One-Step RT-qPCR foram avaliados para o diagnóstico molecular do Vírus da Cinomose Canina.Utilizando o kit que apresentou melhor desempenho, dois sistemas de RT-PCR em tempo real (RT-qPCR) foram comparados quanto à sensibilidade analítica na detecção do RNA do Vírus da Cinomose Canina:One-Step RT-qPCR (Sistema A) e One-Step RT-qPCR seguido da NESTED-qPCR (Sistema B).Os limites de detecção dos dois sistemas foram determinados utilizando diluição

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Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Canine distemper virus detection by different methods of One-Step RT-qPCR

et al. 2016

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“…A alternação de uso de equipamentos, de maneira semelhante, pode trazer oscilações nos resultados de Ct obtidos, sobretudo quando não houver padronização de calibração dos aparelhos (Sivaganensan et al 2012). Buzard et al (2012) sinalizaram que há limitações em estudos comparativos de técni-cas com alternância de equipamentos e reagentes, uma vez que nem sempre é possível seguir todas as recomendações de ambos os fabricantes. Por este motivo, técnicas de qPCR, para fins diagnósticos, precisam ser avaliadas sob méto-dos estatísticos em que se observem tanto a repetitividade quanto a reprodutibilidade, isto é, a correspondência dos resultados de uma mesma amostra em diferentes rodadas (Albano & Raya-Rodriguez, 2009).…”

Section: Quadro 5 Valores De Ct Obtidos Nas Três Qpcr Para Psa Em Teunclassified

Estudo comparativo e validação de três técnicas de PCR em tempo real (qPCR) para diagnóstico de Peste Suína Africana

et al. 2016

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Resumo: Este estudo verificou o desempenho de três técnicas de PCR quantitativa (Real-Time) para o diagnóstico de Peste Suína Africana, uma doença exótica no Brasil, a partir de amostras de tecidos. As três técnicas escolhidas baseiam-se na amplificação de sequências do gene da proteína viral VP72 e são preconizadas, cada uma, por laboratórios oficiais da OIE (PSA-OIE), dos Estados Unidos (PSA-USDA) e da União Europeia (PSA-EU), respectivamente. Oligonucleotídeos iniciadores e sondas de hidrólise marcadas com fluoróforos foram sintetizados conforme a literatura de referência consultada. Sequências-alvo do DNA viral foram inseridos em plasmídeo sintético, os quais serviram de controle positivo para a padronização das técnicas e otimização de reagentes, determinação dos limites de detecção e testes de verificação de desempenho. Para aferição de repetibilidade e reprodutibilidade das técnicas, as técnicas padronizadas foram repetidas em dias diferentes, por um segundo analista, com alteração no mix comercial de reagentes utilizado e em um equipamento diferente, e também por outro laboratório. Realizaram-se, ainda, provas de sensibilidade analítica com amostras de DNA viral de referência e especificidade analítica e diagnóstica, com amostras negativas. As técnicas de PSA-EU e PSA-USDA apresentaram-se mais vantajosas quanto ao consumo de iniciadores. Não houve diferenças significativas nos resultados quantitativos variando-se os dias dos ensaios, os analistas, os equipamentos e o mix de reagentes. As três técnicas apresentaram alta especificidade analítica e diagnóstica e sensibilidade diagnóstica. As três técnicas de qPCR mostraram-se eficazes para serem adotadas por um mesmo laboratório para emissão de diagnósticos oficiais de Peste Suína Africana.

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“…Ebola infection can be confirmed through several types of laboratory tests: ELISA, Real Time RT-PCR, antigen detection tests or serum neutralization test [4] executed only in laboratories provided with specific equipments [3]. Filoviruses are classified as Biological Level 4 (BSL4) agents by Health and Safety Executive [15] and as category A biological warfare agents (BWA) by the Centers for Disease Control and Prevention [16]. The nature of the virus make it suitable as BWA for the high lethality in human infection and for the potential oral and conjunctival viral transmission demonstrated with aerosolized virus suspensions in non-human primates [17].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Biological Emergency Management: The Case of Ebola 2014 and the Air Transportation Involvement

Cenciarelli¹

2014

Microb Biochem Technol

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The putative spread after the outbreak of the haemorrhagic fever epidemic caused by Ebola virus in West Africa, in the early months of 2014, puts the spotlight on the management of biological risks involving air transportation. Ebola virus is a highly pathogenic agent, causing a haemorrhagic fever defined Ebola HF, characterized by a high fatality. This virus is generally considered to be self-limiting in terms of diffusion; its lethality is in fact so high as to prevent the exit from rural areas where outbreaks generally occur. However, when the virus comes from rural areas and reaches urban places, it is important to assess the risk of spreading even in areas far from the outbreak of origin. Therefore, the development or strengthening of strategies and plans to take action with timely and effective response in order to reduce the consequences of public health emergencies is paramount. During Ebola virus outbreak in West Africa in 2014, World Health Organization focused attention on many airports, stops of main flights coming from Africa; the aviation, due to its nature, has the potential to help boost the global spread of transmissible diseases, since air travel allow to reach the most remote locations in hours.The management of biological emergencies during ordinary operations of airlines and airports represents a real constraint in the event of contrast epidemic situations or endemic outbreaks. An effective response plan should include a careful assessment of the risks and the establishment of procedures to carry on board of aircrafts or on the ground.To ensure that this complex system works correctly, a broad and effective cooperation between the different actors involved is required. On the international level, several documents and recommendations relating to the management of contagious diseases in aeronautical environment have been produced by authoritative agencies.In this paper, after an overview on the international response to public health emergencies in the aviation environment, the attention is focused on emergency response to the Ebola virus crisis in 2014, including an evaluation of the potential dispersion of the pathogen.

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Multi-platform comparison of ten commercial master mixes for probe-based real-time polymerase chain reaction detection of bioterrorism threat agents for surge preparedness

Abstract: -platform comparison of ten commercial master mixes for probe-based real-time polymerase chain reaction detection of bioterrorism threat agents for surge preparedness" (2012). US Army Research. 188.

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Canine distemper virus detection by different methods of One-Step RT-qPCR

Canine distemper virus detection by different methods of One-Step RT-qPCR

Estudo comparativo e validação de três técnicas de PCR em tempo real (qPCR) para diagnóstico de Peste Suína Africana

Biological Emergency Management: The Case of Ebola 2014 and the Air Transportation Involvement

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