RESUMO Objetivo Avaliar a conformidade de estrutura e processo dos programas de prevenção e controle de infecções relacionadas à assistência à saúde. Método Estudo prospectivo, transversal, realizado de 2015 a 2016, em pequenos hospitais de até 70 leitos de uma região do estado de São Paulo. Foram avaliados 4 indicadores previamente validados, expressos em índice de conformidade (porcentagem em relação aos itens avaliados). Resultados Dentre os 27 hospitais recrutados, 14 consentiram em participar. Os valores médios de conformidade para cada indicador foram: Estrutura dos programas 61,0%; Diretrizes operacionais 84,5%; Vigilância epidemiológica 57,9%; Atividades de prevenção 74,5%. Maior conformidade foi observada em hospitais privados (73,9%) e com presença de unidade de terapia intensiva (90,3%). Os hospitais possuíam enfermeiros designados para o programa (92,9%), mas somente 23,1% das instituições privadas atuavam com dedicação exclusiva de seis horas. Conclusão Apenas o indicador referente às Diretrizes Operacionais dos programas avaliados esteve acima de 90% de conformidade na mediana dos hospitais. A maior dispersão dos resultados de conformidade entre os hospitais estudados foi referente ao indicador de Vigilância Epidemiológica.