Bixa arborea e Bixa orellana, são duas espécies vegetais da família Bixaceae, com ampla distribuição na América do Sul e largamente usada pela população tradicional. As espécies do gênero Bixa apresentam um pigmento avermelhado nas sementes, que vem sendo utilizado pelas populações nativas por muito tempo. Os compostos fitoquímicos presentes nas sementes de Bixa orellana também são muito utilizados na indústria alimentícia e têxtil (como corante). Bixa arborea além do uso fitoterápico das folhas, também é muito empregada na restauração florestal e como fonte de madeira. Nesse contexto, é de extrema importância diferenciar B. arborea de B. orellana por meio de diagnoses morfológicas para compreender melhor os caracteres que separam as duas espécies. Também buscou analisar as diferenças morfológicas existentes entre os espécimes de B. arborea, para avaliar a existência de híbridos na população analisada. Para isso, foi realizado diagnoses morfológicas para as duas espécies. A partir disso, foi possível perceber que as duas espécies apresentam muitas semelhanças morfológicas, diferindo basicamente uma da outra pelo aspecto do fruto: B. arborea apresentou frutos papilosos ou parcialmente cobertos por espinhos não flexíveis com comprimento variando de 0,1-1,8 mm, enquanto B. orellana apresenta frutos totalmente cobertos por espinhos flexíveis e com comprimento variando de 4 a 9,6 mm. A quantidade média de sementes nos frutos de com B. orellana foi maior que o encontrado nos frutos de B. arborea. Portanto, nosso trabalho mostrou que as duas espécies apresentam diferenças fenotípicas, as quais podem ser utilizadas na identificação e diferenciação uma da outra.