Este estudo teve por objetivo identificar as morfo-espécies de dinoflagelados do microplâncton (>20 μm) das Ordens Peridiniales e Prorocentrales ao largo do Cabo de Santa Marta Grande, CSMG (SC, 28º 40' S) e Albardão-Chuí, AC (RS, 34º 40' S) durante dois cruzeiros oceanográficos: inverno de 2005 e verão de 2007. Amostras de plâncton foram coletadas através de arrastos verticais com rede de plâncton (20 μm), preservadas com formalina 4% e analisadas ao microscópio invertido equipado com câmara digital. Quando necessário, a identificação de espécies de Peridiniales foi efetuada através do número e morfologia das placas da teca realçadas com Calco Flúor Branco MR2; espécies de Prorocentrales foram identificadas com base em seu tamanho, forma, presença de processos apicais, padrão dos poros e marcas na faixa intercalar. Foram identificadas 25 espécies, das quais Protoperidinium (11), Prorocentrum (6), Corythodinium (3), Podolampas (2), Oxytoxum (2) e Heterocapsa (1). Espécies de Prorocentrum apresentaram ampla distribuição na plataforma continental do extremo sul do Brasil, enquanto as espécies de Peridiniales foram observadas principalmente na região do Albardão-Chuí durante o inverno, sob a influência da Pluma do Río de la Plata. Oxytoxum milneri foi pela primeira vez registrada na região sul do País, e Protoperidinium cassum var. cassum, P. curtipes e Heterocapsa triquetra foram registradas pela primeira vez no Brasil.