Objetivo: Apresentar relatos de pesquisa que destacam a importância da capacitação do pesquisador-entrevistador em pesquisas avaliativas de serviços públicos de saúde relacionadas à Assistência Farmacêutica (AF) em município do Sul do Brasil. Métodos: A pesquisa para diagnóstico da AF foi autorizada pela Secretaria Municipal de Saúde e aprovada em seus aspectos éticos e metodológicos. A coleta de dados para construção de 45 indicadores da AF foi realizada por meio de questionários via entrevistas a coordenadores de serviços, responsáveis pelos pontos de dispensação de medicamentos e usuários do serviço. Primeiramente, foi explicado o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, para assegurar ao participante a sua autonomia, bem como, beneficência, não maleficência e relevância social da pesquisa. Resultados: Apenas 13 indicadores da AF (25,6%) foram atendidos, indicando a necessidade de adequação dos serviços e repercutindo nas experiências vivenciadas durante a coleta de dados. As vivências refletem desafios decorrentes da explicação e compreensão dos aspectos éticos da pesquisa e/ou do comportamento do entrevistado. A capacitação do pesquisador-entrevistador foi essencial para o esclarecimento de fundamentos éticos da Resolução 466/12 e assegurar a participação dos entrevistados. Algumas mudanças comportamentais foram observadas durante as entrevistas, decorrentes de resistência ao responder perguntas, descontentamento ou negação em participar da pesquisa. Ressalta-se que alguns participantes sentiam-se avaliados ao responder as perguntas e a elevada satisfação de usuários em relação ao serviço, contraditória ao indicador de acesso a AF sendo que apenas 48,8% receberam os medicamentos prescritos. Conclusões: Os resultados reforçam a importância da capacitação do pesquisador-entrevistador na etapa de coleta de dados e garantia de aspectos éticos da pesquisa. Além disso, mostrar segurança e empatia ao entrevistado e não tornar a coleta de dados um ambiente avaliativo, são requisitos para dar continuidade a entrevista de forma ética e obtenção de dados que poderão subsidiar a melhora dos serviços públicos.