Foi realizado um estudo transversal incluindo 20.084 escolares de 1ª a 4ª séries, matriculados nas escolas urbanas de Pelotas, Rio Grande do Sul, Brasil. Peso e altura foram coletados e o estado nutricional foi classificado segundo os critérios da Organização Mundial da Saúde (déficit do crescimento linear) e International Obesity Task Force (excesso de peso). Também foram coletadas as variáveis idade, sexo, tipo de escola e escolaridade (adequação entre idade e série). A prevalência de déficit do crescimento linear foi de 3,5% (3,9% entre os meninos e 3,1% nas meninas). As prevalências de sobrepeso e de obesidade foram 29,8% e 9,1%, respectivamente. O sobrepeso e a obesidade foram mais prevalentes entre os estudantes de escolas particulares em comparação com aqueles de escolas municipais e estaduais, enquanto o oposto foi observado para o déficit do crescimento linear. Em ambos os sexos, a idade mostrou-se positivamente associada à desnutrição e negativamente associada ao sobrepeso e à obesidade. A escolaridade inadequada mostrou-se associada com maior risco de desnutrição e menor risco de sobrepeso e obesidade. Conclui-se que o estado nutricional de escolares depende, além de fatores demográficos e sócio-econômicos, do tipo de escola.