A Área de Proteção Ambiental Serra de São José e o Refúgio Estadual de Vida Silvestre Libélulas da Serra de São José, localizadas na região de Tiradentes-Minas Gerais, apresentam importante diversidade biológica para a conservação, distribuídas em três fitofisionomias: Cerrado, Floresta Estacional Semidecidual e Campos Rupestres. Além de protegerem legalmente o patrimônio natural, abrigam também raizeiros que detêm saberes e práticas sobre o uso de espécies vegetais extraídas nos limites das referidas áreas. Com o objetivo de compreender os conflitos estabelecidos na relação entre a conservação e uso de espécies vegetais, foram realizados levantamentos etnobotânicos por meio de turnês guiadas em três trilhas utilizadas por dois raizeiros, e aplicado questionário semiestruturado, que apontaram as espécies utilizadas, suas aplicações (passado e presente) e as partes empregadas. Concluiu-se, que os conflitos existentes se devem à extração de recursos biológicos na Unidade de Conservação de proteção integral. Todavia, podem contribuir para conservação da biodiversidade das Áreas Protegidas da Serra de São José juntamente com a da etnobotânica e a participação efetiva dos raizeiros.