Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan instrumen pemahaman konsep berbasis komputer yang valid sebagai alat ukur pemahaman konsep peserta didik pada mata pelajaran kimia dengan materi pokok struktur atom. Penelitian ini termasuk dalam penelitian dan pengembangan (Research and Development) mengacu pada model pengembangan ADDIE meliputi tahap Analysis, Design, Development, Implementation, Evaluation. Pengujian instrumen dalam pembelajaran dilakukan pada peserta didik kelas X MIA MA Nahdlatul Wathan Mataram, NTB. Desain uji coba penelitian ini menggunakan One Group Pretest-Posttest Design. Hasil penelitian menunjukkan bahwa persentase rata-rata nilai kelayakan instrumen dari ketiga validator sebesar 86.3% dengan kriteria sangal layak. Penggunan instrumen pemahaman konsep berbasis komputer pada uji coba terbatas mendapatkan nilai rata-rata dari guru dan peserta didik sebesar 80.4% dengan kriteria sangat praktis. Hasil ini menunjukkan bahwa media instrumen pemahaman konsep berbasis komputer yang dikembangkan memiliki kriteria valid dan praktis untuk meningkatkan pemahaman konsep peserta didik