Sistem kekebalan tubuh berfungsi untuk menjaga tubuh dari serangan organisme asing, seperti bakteri atau virus. Ketika terserang organisme asing, sistem kekebalan tubuh akan melepas protein yang disebut antibodi untuk melawan dan mencegah terjadinya penyakit. Akan tetapi, pada penderita penyakit autoimun, sistem kekebalan tubuh menganggap sel tubuh yang sehat sebagai zat asing. Akibatnya, antibodi yang dilepaskan menyerang sel-sel sehat tersebut. Mengenali gejala penyakit memerlukan keterampilan dan pengalaman serta pengetahuan. Gejala yang muncul sering kali sulit dikenali dan hanya ahli yang dapat mengidentifikasinya dengan tepat dan benar. Keterbatasan akses konsultasi kepada ahli penyakit, menjadi kendala bagi pasien ketika ingin konsultasi. Sistem pakar kemudian dapat menjadi alternatif solusi untuk menggantikan peran ahli dalam memutuskan jenis penyakit yang menyerang. Penelitian ini bertujuan menerapkan sistem pakar menggunakan certainty factor untuk membantu para pasien dalam memutuskan jenis penyakit autoimun yang kemungkinan menyerang. Penyakit yang dijadikan sampel adalah Lupus, Penyakit Graves, Psoriasis, Multiple sclerosis, Myasthenia gravis, Tiroiditis Hashimoto, Kolitis ulseratif dan Crohn’s disease, Rheumatoid, Arthritis, Sindrom Guillain Barré, serta Vaskulitis. Hasil penerapan certainty factor dalam mengidentifikasi jenis penyakit dari kasus yang diidentifikasi, menunjukkan nilai kepastian 90% untuk penyakit Multiple sclerosis (P4). Sistem Pakar dapat membantu pasien yang memerlukan informasi mengenai sakit yang dideritanya, sehingga bisa melakukan tindakan pencegahan. Diagnosa kemungkinan penyakit yang diterapkan menggunakan metode Certainty Factor mampu memberikan hasil diagnosa secara mudah dan cepat berdasarkan pengetahuan pakar dan data gejala yang dipilih oleh pengguna.