Kemampuan berpikir tingkat tinggi merupakan salah satu aspek dan menjadi perhatian dalam dunia pendidikan. Oleh karena itu, pentingnya pembelajaran yang dapat mengembangkan kemampuan berpikir tingkat tinggi peserta didik. Tujuan penelitian adalah mendeskripsikan peningkatan dan perbedaan kemampuan berpikir tingkat tinggi peserta didik pada pembelajaran pokok bahasan gelombang bunyi yang diajarkan menggunakan model pembelajaran berbasis masalah atau Problem Based Learning (PBL) sebagai kelas eksperimen dan Direct instruction (DI) sebagai kelas kontrol. Penelitian menggunakan metode kuantitatif dengan jenis penelitian eksperimen semu dengan desain nonequivalen control group design. Subyek penelitian adalah peserta didik kelas XI SMA YPPK Teruna Bakti Jayapura, dengan jumlah peserta didik 31 orang pada kelas eksperimen dan 27 orang pada kelas kontrol. Teknik sampling yang digunakan adalah cluster random sampling. Teknik analisis data menggunakan analisis N-gain, uji normalitas, uji homogenitas, dan uji beda rata-rata. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) pembelajaran dengan menggunakan model PBL dapat meningkatkan kemampuan keterampilan berpikir tingkat tinggi dengan N-gain rata-rata kemampuan berpikir tingkat tinggi seluruh konsep pada kelas eksperimen 0,47 yang tergolong sedang dan kelas kontrol 0,34 tergolong sedang juga, dan (2) terdapat perbedaan kemampuan berpikir tingkat tinggi antara kelas eksperimen dan kelas kontrol. Hasil penelitian diharapkan dapat memberikan kontribusi bagi pengembangan program pembelajaran yang mengupayakan peningkatan kemampuan berpikir tingkat tinggi bagi peserta didik.