Kebijakan otonomi daerah sangat besar dampaknya terhadap dunia pendidikan madrasah di Indonesia, Pendidikan madrasah yang seharusnya masuk dalam kerangka pendidikan nasional, akan tetapi dengan adanya kebijakan otonomi daerah membuat madrasah sebagai sekolah keagamaan ini tetap berada pada kewenangan pusat dibawah departemen agama. Tujuan artikel ini untuk menjelaskan bagaimana desentralisasi pendidikan di era otonomi daerah, menjelaskan posisi pendidikan madrasah di erah otonomi daerah, serta menjelaskan bagaimana peluang dan tantangan pendidikan madrasah. Metode yang digunakan dalam penulisan ini adalah library research (penelitian pustaka). Hasil penelitian menunjukkan pendidikan madrasah pada otonomi daerah terjadinya peningkatan mutu madrasah yang professional. Dengan melakukan strategi-strategi berikut: pertama, kedepannya madrasah mesti dikelola dan dimanage secara modern, Total Quality Education (TQE). Kedua, kedepannya Madrasah wajib lebih maju dan hasrus mampu mewujudkan harapan-harapan masyarakat. Sehingga pendidikan di madrasah menjadi pilihan utama bagi umat dan masyarakat. Untuk itu, agar madrasah tetap eksis pada era otonomi daerah, maka pengembangan Madrasah harus tetap berjalan seiring dengan semangat otonomi tersebut. Dan harus dihadapi dengan sikap optimis dan strategis serta antisipatif terhadap itu semua.