Dalam praktiknya, sering terjadi sengketa lahan yang akan digunakan dalam pembangunan jalan tol, salah satunya ketidakmauan pemilik lahan untuk membuatnya. Ketika pemerintah ingin membangun jalan tol di atas tanah masyarakat, biasanya akan ada ganti rugi yang dibebankan kepada pemerintah untuk membayarnya kepada pemilik tanah. Baik jalan tol dibangun di atas tanah tersebut atau pemilik tanah menolak menerima ganti rugi dari pemerintah. Sebaliknya , dalam membeli tanah untuk jalan tol harus mengikuti tahapan yang jelas dan pedoman hukum yang berlaku. Tahapan tersebut meliputi tahap perencanaan, tahap persiapan, tahap pelaksanaan, dan penyerahan hasil pembangunan jalan tol. Hal ini harus dilakukan mengingat standar administrasi yang baik. Selain itu, sengketa tanah terkait pengadaan jalan tol ini dapat diselesaikan dengan musyawarah dengan pemilik tanah, ganti rugi atas hilangnya tanah yang digunakan dalam pembangunan jalan tol dapat diperoleh melalui jalur hukum , khususnya penyerahan kepada pengadilan. Namun dalam hal ini penulis lebih menekankan pada ganti rugi karena lebih mengutamakan keadilan. Oleh karena itu, skema atau aturan hukum yang jelas dan spesifik yang mengatur skema dan pemberian kompensasi berdasarkan keadilan harus dibuat sebelum implementasinya.