Tradicionalmente, el quechua descrito por Domingo de Santo Tomás en 1560 se ha contrastado con el quechua cuzqueño por la ausencia de una representación ortográfica para oclusivas complejas y por la presencia de sonorización posnasal de oclusivas escrita como <b>, <d> y <g>. Previamente no ha sido posible explicar por qué el autor escribe estas letras con aparente irregularidad, usándolas en algunos casos, pero usando <p>, <t> y <c> en otros. Este estudio demuestra que dicha alternancia no es irregular, sino que el uso de <bdg> versus <ptc> corresponde regularmente a la distinción de oclusivas simples versus complejas en quechuas modernos que cuentan con estos sonidos, como el quechua cuzqueño-boliviano. Este resultado de alta significancia estadística sugiere que el quechua descrito por Santo Tomás sí tenía contrastes entre consonantes complejas y simples, y que la sonorización alofónica de oclusivas después de /n/ se limitaba a palabras con oclusivas simples. Tomando en cuenta que escritores españoles coloniales tardaban unas generaciones en lograr escribir sonidos de lenguas americanas que no existían en el español, se concluye que las aspiradas y ejectivas sí existían en el quechua descrito por Santo Tomás, pero que no se escribían todavía durante el siglo XVI, solamente desde inicios del siglo XVII. Esta evidencia ortográfica colonial que señala oclusivas complejas en un quechua hablado lejos de Cuzco indica que estos sonidos podrían ser retenciones antiguas en las lenguas quechuas.