As espécies do fungo filamentoso Monascus produzem pigmentos naturais de diferentes cores, além de compostos bioativos com potencial antioxidante, sendo capazes de metabolizar substratos de baixo custo. Entretanto, existem várias espécies deste gênero que podem apresentar comportamentos distintos em relação à produção de pigmentos em um mesmo meio de produção. Assim, a proposta de trabalho foi avaliar o comportamento de duas espécies do gênero Monascus, M. ruber URM 4530 e M. purpureus CCT 3802 quanto à produção de pigmentos e, a partir dos melhores resultados e avaliar a atividade antioxidante de captura dos radicais ABTS+• e DPPH• utilizando farelo de mandioca como substrato fermentativo e glutamato monossódico como fonte de nitrogênio, com auxílio de um Delineamento Composto Central (DCC). Como resultado, foram verificadas melhores produção e atividade antioxidante na utilização da espécie M. purpureus, apresentando 13,77 UA510 para a produção de pigmentos e 96,1 % e 62,7 % de inibição dos radicais ABTS+• e DPPH•, respectivamente. Em contrapartida, a cepa M. ruber apresentou produção máxima de 5,82 UA510. Desta forma, os resultados indicaram diferentes desempenhos das espécies do gênero Monascus, empregando o mesmo resíduo como substrato e condições de processo, com melhor performance de produção de pigmentos e atividade antioxidante para a cepa M. purpureus CCT 3802.