Artikel ini berupaya menemukan konsistensi narasi toleransi yang digaungkan oleh Kementerian Agama Republik Indonesia dalam al-Qur’an dan Tafsir Kemenag versi website melalui penafsiran atas Q 49: 13. Keragaman yang dimiliki masyarakat Indonesia dan tantangan globalisasi menjadikan isu ini penting untuk dikaji. Untuk mencapai tujuan tersebut penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan analisis data menggunakan content analysis. Penelitian ini menyimpulkan bahwa toleransi Kemenag memiliki tiga prinsip; Pertama, saling mengenal satu sama lain meski berbeda ras, suku, budaya, dan agama. Kedua, tolong-menolong dalam kebajikan atas perbedaan yang ada. Ketiga, kerjasama untuk bersama-sama membangun kemajuan kelompok, bangsa, dan negara. Untuk membawa pesan toleransi dalam keberagaman Indonesia pada era modern, Al-Qur’an dan Tafsirnya versi website memiliki relasi terhadap peningkatan wacana toleransi secara kelembagaan. Konsep ini menjadi dasar bagi seluruh lembaga dibawah Kemenag di seluruh Indonesia untuk mengusung semangat yang sama dalam menyebarluaskan wacana dan tindakan yang bernuansa toleran. Konsistensi yang dilakukan merupakan bagian dari keseriusan Kemenag dalam menjaga keutuhan bangsa yang beragam. Hal ini merupakan implementasi dari kewajibannya sebagai lembaga negara yang bertanggung jawab dalam mengkonsep dan menyebarkan sikap toleran dalam keberagaman.