O presente estudo teve como objetivo comparar as técnicas de imunofluorescência direta (IFD) e a microscopia de contraste de fase em solução de Sheather (MCF), para detecção de oocistos de Cryptosporidium spp. em amostras fecais de bezerros. A determinação dos limiares detecção da IFD e da MCF foi realizada utilizando cinco alíquotas de uma amostra fecal de bezerro, comprovadamente negativa para Cryptosporidium spp., adicionadas com diferentes quantidades de oocistos de Cryptosporidium parvum. Ao exame das 5 alíquotas, a IFD e a MCF apresentaram, respectivamente, limiares de detecção de 3,3x104 (duas alíquotas positivas) e 3,3x105 oocistos (1 alíquota positiva) por grama de fezes. Foram também realizadas a comparação entre a positividade obtida e uma análise semiquantitativa do número de oocistos observados por campo de microscopia, em ambos os métodos, em 300 amostras fecais de bezerros. Entre as 300 amostras, 19,7% (59/300) foram positivas pela IFD, com diferença estatisticamente significante (P=0,0098) quando comparada com a positividade obtida pela MCF, que foi de 11,7% (35/300). As amostras positivas foram submetidas à reação em cadeia da polimerase para amplificação de fragmentos da subunidade 18S do rRNA, com posterior sequenciamento dos fragmentos amplificados, o que permitiu a identificação de Cryptosporidium andersoni em 11,9% (7/59) e de C.parvum em 88,1% (52/59) das amostras. Os resultados observados comprovam que a IFD foi mais eficiente que a MCF para detecção de oocistos de Cryptosporidium spp. em amostras fecais de bezerros.