Probing the diversity of healthy oral microbiome with bioinformatics approaches

Abstract

The human oral cavity contains a highly personalized microbiome essential to maintaining health, but capable of causing oral and systemic diseases. Thus, an in-depth definition of “healthy oral microbiome” is critical to understanding variations in disease states from preclinical conditions, and disease onset through progressive states of disease. With rapid advances in DNA sequencing and analytical technologies, population-based studies have documented the range and diversity of both taxonomic compositions and functional potentials observed in the oral microbiome in healthy individuals. Besides factors specific to the host, such as age and race/ethnicity, environmental factors also appear to contribute to the variability of the healthy oral microbiome. Here, we review bioinformatic techniques for metagenomic datasets, including their strengths and limitations. In addition, we summarize the interpersonal and intrapersonal diversity of the oral microbiome, taking into consideration the recent large-scale and longitudinal studies, including the Human Microbiome Project.

No effects without causes: the Iron Dysregulation and Dormant Microbes hypothesis for chronic, inflammatory diseases

“…A second common origin for blood microbes is the non‐sterile oral cavity (Gargano & Hughes, ), whence they can enter through abrasive toothbrushing (Bhanji et al ., ; Tomás et al ., ) or periodontal disease. Since blood can appear in the oral cavity, there is nothing to stop the reverse process of microbial infection of the blood (Dhotre, Davane & Nagoba, ; Kilian et al ., ; Koren et al ., ) and periodontal origins represent another source of potential microbial translocation (Moon & Lee, ). There is considerable evidence for a significant association between periodontitis and RA (Bingham III & Moni, ; Cheng et al ., ; de Smit et al ., ; Detert et al ., ; Konig et al ., ; Koziel, Mydel & Potempa, ; Lee et al ., ; Martinez‐Martinez et al ., ; Mikuls et al ., ; Monsarrat et al ., ; Ogrendik, ; Potempa, Mydel & Koziel, ).…”

The oral microbiome in oral lichen planus during a 1‐year randomized clinical trial

“…In 2014, it was discovered that Malassezia is a predominant oral fungus genus in the mouth and that the relative abundance varied between 13% and 98% in saliva samples from healthy individuals (Dupuy, David, Li, Heider, Peterson et al, ). New sequencing methods allow for more in‐depth analysis of bacterial and fungal components of the oral microbiome, but for the time being, knowledge of the oral mycobiome is less complete than that of the bacteriome due to lower fungal biomass (Diaz, Hong, Dupuy, & Strausbaugh, ; Moon & Lee, ).…”

Taxonomic Composition and Microecological Indices of Oral Microbiota of 11-13 - Year-Old Children Suffering From Chronic Catarrhal Gingivitis With a Comorbid State

“…Наявність харчових ресу-рсів, постійне вологе середовище, оптимальний рН і температура створюють оптимальні умови для адгезії, колонізації, росту і розмноженню мікробних видів, кількість яких досягає понад 500 таксонів. Велика кількість умовно-патогених мікроорганізмів зі складу нормальної мікробіоти відіграє суттєву роль в етіології та патогенезі захворювань слизової оболонки ротової порож-нини, карієсу, пародонта тощо [1,5,6,8,11,15].Наявність каріозних порожнин, ясенних ки-шень сприяє персистенції патогенних та умовно -патогенних мікроорганізмів і зумовлює високу частоту формування вогнищ хронічної інфекції з можливістю подальшої алергізації організму і розвитку автоімунної патології [9,10,14].Порушення неспецифічного та специфічного імунного захисту, що є властивим для цукрового діабету (ЦД) І типу в поєднані з тривалою перси-стенцією асоціації мікроорганізмів, які можуть пошкоджувати тканини ротової порожнини, мо-же призвести до розвитку найбільш тяжких пато-логічних процесів-пародонтопатій. Крім того, ротова порожнина є для респіраторних і кишко-вих інфекції вхідними воротами, де вони частко-во проявляють клінічну маніфестацію [4,7,9,10,12,13].…”

“…Наявність каріозних порожнин, ясенних ки-шень сприяє персистенції патогенних та умовно -патогенних мікроорганізмів і зумовлює високу частоту формування вогнищ хронічної інфекції з можливістю подальшої алергізації організму і розвитку автоімунної патології [9,10,14].…”

“…Крім того, ротова порожнина є для респіраторних і кишко-вих інфекції вхідними воротами, де вони частко-во проявляють клінічну маніфестацію [4,7,9,10,12,13]. Тому вивчення таксономічного складу і мікроекологічних показників, які характеризують співіснування представників екосистеми «організм людини -мікробіота» за хронічного катарального гінгівіту на фоні ЦД І типу визна-чає актуальність теми наукового дослідження Мета дослідження.…”