Se llevó a cabo un análisis de representatividad de ecosistemas marinos y costeros en las 18 Áreas Marinas Protegidas (AMP) administradas por el Sistema de Parques Nacionales Naturales de Colombia (SPNN) y sus cambios a 2020 con respecto a 2010. Para el Caribe, aumentó la representatividad de manglares, pastos marinos, fondos sedimentarios y playones salinos, mientras para el Pacífico, aumentó la representatividad de estuarios, fondos sedimentarios, manglares, planos intermareales de lodo, playas arenosas y montañas submarinas. Se incluyeron los corales de profundidad como un nuevo ecosistema para el SPNN. A partir de clases de representatividad determinados para este análisis, se encontró que el único ecosistema sin representatividad (0 %) (corales de profundidad) pasó a ser sobrerrepresentado (≥ 60 %). El número de ecosistemas en representatividad baja disminuyó de 8 a 7 (< 10 %) mientras los ecosistemas en representatividad media aumentaron de 9 a 10 (10-29 %). En la última década, ecosistemas de importancia ecológica como los estuarios (0,55 %) en el Caribe y los bosques mixtos de guandal (0,22 %) para el Pacífico no presentaron ningún cambio en su representatividad. Se evidencia la necesidad de incrementar la investigación y conocimiento de los hábitats bentónicos profundos para incluirlos dentro del sistema, y aprovechar el escenario de diálogo internacional para contribuir y comprometerse con metas ambiciosas de conservación en marco pos-2020 del Convenio de Diversidad Biológica.