A agricultura irrigada promove o aumento de produtividade nos sistemas agrícolas, no entanto, há necessidade de se observar tanto a quantidade, quanto a qualidade da água disponível a fim de se viabilizar a produção e a segurança dos alimentos e da água a ser utilizada. Portanto, este trabalho teve como objetivo avaliar os riscos de salinidade, sodicidade, infiltração e toxicidade, com intuito de diagnosticar e monitorar a qualidade da água do Rio Cuiabá, na região metropolitana de Cuiabá. Foram analisadas as principais variáveis físicas, químicas e microbiológicas que definem a qualidade da água para irrigação: Temperatura, pH, condutividade elétrica, razão de adsorção de sódio, Ca2+, Mg2+, Na+, K+, Cl-, SO4++, N-total, P-total, Sólidos Totais, Turbidez e Escherichia coli. Foram utilizados dados da SEMA referente a cinco pontos ao longo do percurso urbano do Rio Cuiabá nos períodos de janeiro de 2011 a novembro de 2017, abrangendo tanto o período chuvoso, quanto o período de seca. Nos pontos observados não foram identificados restrições de uso da água na irrigação quanto às variáveis físicas e químicas. A maioria dos pontos possui restrições quanto ao aspecto microbiológico, demonstrando, portanto, necessidade de maiores investigações quanto ao uso e fontes contaminantes nestas águas.